税务机关撤回原作出的清算结论通知书的法律依据，主要可从以下角度分析：

1. 《税收征收管理法》及其实施细则的授权
   根据《税收征收管理法》第五十二条，税务机关发现因自身责任导致税款少征、未征的，可在三年内要求补缴；若因纳税人计算错误等失误，可在五年内追征。若清算结论通知书存在事实认定错误、程序违法或法律适用错误，税务机关可依据该条款的修正原则，主动撤回原结论并重新作出处理。例如，原结论未核实企业真实经营数据导致税款计算错误，税务机关可依法纠正。

2. 《行政许可法》的类比适用
   虽然清算结论不属于行政许可，但《行政许可法》第八条关于“信赖保护原则”的规定具有参考价值：若行政机关因公共利益需要或原决定违法，可撤销或变更已生效的行政行为。税务机关若发现原清算结论存在重大违法（如徇私舞弊、数据造假），可参照该原则撤回通知书，但需补偿纳税人因此产生的合理损失（如已缴纳的税款及滞纳金）。

3. 《行政复议法》与《行政诉讼法》的救济倒逼
   若纳税人申请行政复议或提起行政诉讼，且法院或复议机关认定原清算结论违法，税务机关可能被要求重新作出行政行为。此时税务机关可主动撤回原通知书，以避免败诉风险或执行法院判决。例如，原结论未依法送达纳税人导致程序违法，复议机关可能撤销该结论，税务机关需重新处理。

4. 《重大行政决策程序暂行条例》的约束
   若清算结论涉及重大税款征收或对纳税人权益产生重大影响，税务机关需遵循该条例的“跟踪反馈”和“后评估”制度。若评估发现原结论存在重大风险或社会影响，税务机关可启动撤回程序，并重新履行听证、公示等法定程序。

实务建议：

• 税务机关撤回通知书需严格遵循“比例原则”，即撤回的必要性应与公共利益或法律修正的紧迫性相当；
  
• 纳税人若认为撤回行为违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认撤回无效或索赔；
  
• 具体案件需结合地方税务规范性文件（如《XX省税务行政裁量权基准》）进一步分析。
  

如有具体案件背景或文书内容，可进一步向我咨询，我会结合细节提供针对性分析。