关于国企上级借款时间超过3年的问题，需分情况讨论其法律性质及处理方式：

1. 若借款行为本身合法合规，仅涉及期限问题
   根据《民法典》第六百七十五条，借款人应按约定期限返还借款；未约定或约定不明的，借款人可随时返还，贷款人可催告合理期限内返还。

   • 国企内部借款：若借款程序符合国企内部财务管理制度（如经集体决策、备案等），且未违反国资监管规定，超期未还可能仅涉及违约责任。建议通过补充协议明确还款计划，或由上级单位书面催告还款，避免诉讼风险。
     
   • 关联方借款：若借款方为国企关联方，需核查是否符合《企业国有资产法》第四十六条关于关联交易的规定（如公平定价、经股东会同意等）。若程序违规，可能面临国资监管部门追责，甚至被认定为利益输送。

2. 若借款行为存在程序瑕疵或违规

   • 未履行审批程序：国企对外借款需按《企业国有资产交易监督管理办法》等规定履行审批或备案程序。若未履行，可能被认定为无效合同，借款方需返还本金，但利息主张可能受限。
     
   • 涉嫌挪用资金或职务侵占：若借款系个人行为（如国企负责人私自出借资金），可能触犯《刑法》第二百七十二条（挪用资金罪）或第二百七十一条（职务侵占罪），需立即向公安机关报案。

3. 若借款已转化为“坏账”或需核销
   根据《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》，国企需对超期未收回的借款进行专项审计，证明已采取必要追偿措施（如诉讼、仲裁）后，方可按程序核销。未履行追偿程序直接核销的，可能面临税务稽查风险。

建议行动步骤：

1. 核查借款合同、审批文件及还款记录，明确借款性质及程序合规性；
   
2. 与上级单位协商补充还款协议或催告还款，保留书面证据；
   
3. 若存在违规或刑事风险，立即启动内部调查并咨询专业律师制定应对方案。
   

如有进一步细节（如借款金额、用途、是否涉及关联方等），可向我补充说明，我会为您分析具体法律风险。