针对您提出的“劳动合同写离职需要提前三个月申请是否合法”的问题，这并非一个绝对合法或非法的问题，而是需要根据具体情况及法律法规进行综合判断。
首先，我们明确一下基础法规：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者有权提前三十日以书面形式通知用人单位解除劳动合同（试用期内为三日）。这是法律为保障劳动者自由择业权，同时给予用人单位合理时间进行人员调整和工作交接而设定的最短通知期限。
接下来，我们分析劳动合同中要求提前三个月离职的约定的合法性：
与法律规定的对比：
- 劳动合同中要求提前三个月离职，显然超出了法律规定的三十日最短通知期限。但这并不意味着该约定一定非法，因为法律并未完全禁止双方约定一个长于法定最低标准的通知期限。
约定的合理性与公平性：
- 约定的合理性需考虑实际操作中的可行性、对双方权益的影响。如果提前三个月离职的约定给劳动者造成了极大不便，且用人单位无法提供合理解释或补偿，或者用人单位利用优势地位强迫劳动者接受这一不合理条款，那么该约定的合理性及有效性将受到质疑。
- 公平性方面，双方应在平等、自愿的基础上达成约定。如果劳动者在签订劳动合同时处于弱势地位，被迫接受了不合理的离职通知期限，那么该约定可能因显失公平而被视为无效或部分无效。
特殊情况下的考量：
- 如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用并进行了专业技术培训，且双方签订了包含服务期的协议，那么劳动者在服务期内离职可能需要支付违约金。但这与服务期外的正常离职通知期限无关，且违约金的数额应合理，不得超过用人单位提供的培训费用及服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
综合以上分析，我给出以下建议：
- 如果您作为劳动者，对劳动合同中要求提前三个月离职的条款有疑问或不满，建议您咨询专业的劳动法律师或相关部门，以了解自己的权益及可能的法律后果。
- 如果您作为用人单位，在制定此类条款时，应遵循公平、合理及法律规定的原则，避免滥用优势地位损害劳动者权益。可以考虑与劳动者协商确定一个既符合法律规定又满足双方需求的离职通知期限。
总之，劳动合同中要求提前三个月离职的约定是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。双方应在平等、自愿的基础上达成合理的约定，以确保劳动合同的合法性和有效性。