合作企业侵占合作者的财产是否构成侵占罪，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、可能构成侵占罪的情况
基于信任关系的侵占
- 适用情形：如果合作双方是基于信任关系，将财产交由一方代为保管，而该方利用这种信任关系，将代为保管的财产非法占为己有，数额较大且拒不退还，那么这种行为可能构成侵占罪。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十条的规定，将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的，处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。
- 举例说明：比如甲乙两人合作经营一家小店，甲负责日常经营，乙投入资金但不参与管理。甲利用管理之便，将乙投入的资金或店铺收益非法占为己有，数额较大且拒不退还，就可能构成侵占罪。
职务侵占的特殊情形
- 适用情形：在合作企业中，如果一方担任管理职务，利用职务上的便利，将合作企业的财物非法占为己有，数额较大，那么这种行为可能构成职务侵占罪。但需要注意的是，职务侵占罪通常针对的是公司、企业或其他单位的工作人员，而合作企业本身不具有法人资格，其内部人员是否构成职务侵占罪需根据具体情况判断。如果合作企业是按照《合伙企业法》设立的，且侵占行为符合职务侵占罪的构成要件，那么可以构成此罪。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
- 举例说明：比如甲乙两人成立了一家合伙企业，甲担任执行事务合伙人，负责企业的日常管理和财务。甲利用职务之便，将企业的资金非法转移至个人账户，数额较大，就可能构成职务侵占罪。
二、可能不构成侵占罪的情况
民事纠纷
- 适用情形：如果合作双方之间的纠纷源于对合作财产分配的不满或其他民事问题，而非出于非法占有目的，那么这种纠纷属于民事争议，不构成侵占罪。
- 处理方式：在这种情况下，被侵占财产的合作者可以通过民事诉讼等合法途径要求返还被侵占的财产，并请求赔偿因此造成的损失。
合作协议不明确或存在争议
- 适用情形：如果合作双方之间的合作协议不明确或存在争议，导致对财产归属、分配等问题产生分歧，那么这种分歧可能不构成侵占罪。
- 处理方式：在这种情况下，双方应首先通过协商、调解等方式解决分歧。如果无法达成一致，可以通过民事诉讼等途径解决争议。
三、法律建议
- 明确合作协议：在合作之前，双方应签订明确的合作协议，对财产归属、分配、管理等问题进行详细约定，以避免后续产生纠纷。
- 保留证据：在合作过程中，双方应保留好相关证据，如合作协议、财务记录、交易凭证等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
- 及时咨询律师：如果发生侵占行为或合作纠纷，被侵占财产的合作者应及时咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径，并根据律师的建议采取相应的法律措施。
总之，合作企业侵占合作者的财产是否构成侵占罪需根据具体情况来判断。如果涉及刑事犯罪，被侵占财产的合作者应及时报警并咨询律师；如果仅为民事纠纷，则应通过民事诉讼等合法途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。