结论：中标通知书发出后，双方已经履行完约定但未在三十日内订立书面合同，这一行为虽然可能因双方已实际履行而减少部分争议，但仍存在法律风险和潜在的不利后果。以下从不同角度详细分析：
一、法律要求与时间节点
根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条的规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。这是法律规定的明确时间要求，旨在确保招投标活动的规范性和合同双方的权益。
二、未按时签订合同的法律后果
行政责任：
- 尽管双方已经实际履行了部分或全部合同内容，但未按时签订书面合同仍可能构成对招投标法规的违反。招标人可能面临有关行政监督部门的责令改正，并可能被处以中标项目金额10‰以下的罚款。
民事责任与风险：
- 合同效力问题：虽然双方已实际履行，但书面合同的缺失可能导致在合同解释、权利义务明确等方面存在争议。一旦发生纠纷，双方可能难以依据书面合同来维护自己的权益。
- 损失赔偿：若因未签订书面合同而导致一方遭受损失（如因对方违约而造成的直接经济损失），受损方有权要求赔偿。尽管实际履行可能在一定程度上证明了双方的合作意愿，但书面合同的缺失仍可能增加损失赔偿的难度和不确定性。
- 信誉影响：未按时签订书面合同可能影响双方在行业内的信誉，进而影响未来参与其他项目投标的竞争力。
特殊情况处理：
- 如果双方能够证明已经实际履行了合同的主要义务，且双方对此无异议，那么在实际操作中，法院或仲裁机构可能会根据实际情况认定合同已经成立并生效。但这并不意味着可以忽视书面合同的签订，因为书面合同在明确双方权利义务、解决争议等方面具有不可替代的作用。
三、建议与措施
尽快补签合同：
- 尽管双方已经实际履行了合同内容，但为了降低法律风险和避免潜在的不利后果，建议双方尽快补签书面合同。合同内容应与实际履行情况相符，并明确双方的权利义务。
保留证据：
- 在补签合同之前，双方应妥善保留与合同履行相关的所有证据（如交易记录、沟通记录、履行凭证等）。这些证据在后续可能发生的争议中将起到至关重要的作用。
加强沟通与协商：
- 双方应加强沟通与协商，就合同签订、履行等事项达成一致意见。通过友好协商解决潜在的分歧和争议，有助于维护双方的合作关系和信誉。
寻求法律帮助：
- 如果双方在合同签订或履行过程中遇到复杂的法律问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
示例说明：假设在一个建设工程项目中，中标通知书发出后，双方因故未能在三十日内签订书面合同，但已经开始了施工工作。在这种情况下，如果双方能够证明已经实际履行了施工合同的主要义务（如完成了部分工程量、支付了部分工程款等），并且双方对此无异议，那么法院或仲裁机构可能会根据实际情况认定施工合同已经成立并生效。然而，为了降低法律风险和避免潜在的不利后果（如因合同条款不明确而导致的争议、因未签订书面合同而面临的行政处罚等），双方仍应尽快补签书面合同并明确双方的权利义务。
总之，尽管双方已经实际履行了合同内容，但未按时签订书面合同仍存在法律风险和潜在的不利后果。因此，建议双方尽快补签合同、保留证据、加强沟通与协商，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。