结论：厂房合同中约定“合同到期还在租房，不续租不退保证金”的条款是否合法，需根据具体情况判断，若保证金性质为定金且符合定金规则，则合法；若保证金为押金或其他性质，且合同条款显失公平，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、保证金性质决定条款合法性
定金性质：
- 若合同中明确约定保证金为“定金”，且符合《中华人民共和国民法典》中关于定金的规定（即定金数额不超过主合同标的额的20%），则该条款可能合法。
- 根据定金罚则，若承租方不续租，视为违约，出租方有权不退还定金；若出租方拒绝出租，则需双倍返还定金。但此处的“不退保证金”需严格符合定金规则，且合同中需明确约定为定金。
押金或其他性质：
- 若保证金为押金或其他非定金性质，则合同中“不续租不退保证金”的条款可能因显失公平而被认定为无效。
- 押金通常用于担保承租方履行合同义务，如按时支付租金、保持房屋完好等。合同到期后，若承租方无违约行为，出租方应退还押金。
二、合同条款的公平性
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同条款应遵循公平原则，不得显失公平。若“不续租不退保证金”的条款导致双方权利义务严重失衡，可能被认定为无效条款。
- 例如，若保证金数额过高，远超过出租方可能遭受的损失，或合同中未明确约定保证金的性质及退还条件，则该条款可能因显失公平而被撤销。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 仔细审查厂房租赁合同中关于保证金的条款，明确保证金的性质、数额及退还条件。
- 若合同中未明确约定保证金为定金，或约定不明确，则更倾向于认定为押金或其他性质。
协商与沟通：
- 若对合同条款有疑问或不满，建议与出租方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商过程中，可引用相关法律法规，维护自身合法权益。
法律途径：
- 若协商无果，且认为合同条款显失公平或违法，可考虑通过法律途径解决纠纷。
- 可向当地人民法院提起诉讼，要求确认合同条款无效或撤销合同，并主张退还保证金及相应利息。
四、风险提示
- 在签订厂房租赁合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于保证金的约定。
- 若对合同条款有疑问或不确定，建议咨询专业律师，以确保自身权益不受损害。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。