结论：在国企辞职后，若仍在保密协议有效期内，通常无法直接申请在本单位继续工作，但需结合保密协议具体条款、辞职原因及单位态度综合判断。

1. 保密协议的核心约束
   保密协议通常要求劳动者在离职后一定期限内（如1-3年）不得从事与原单位有竞争关系的工作，或泄露商业秘密。若您仍在协议有效期内，且原单位认为您的继续工作可能涉及商业秘密泄露风险（如接触核心数据、客户信息等），单位有权依据协议拒绝您的申请。
   法律依据：根据《劳动合同法》第23条，用人单位可与劳动者约定保密义务，并约定在解除或终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予经济补偿。若协议合法有效，双方均需遵守。

2. 辞职原因的影响

   • 主动辞职：若您因个人原因主动离职，原单位可能更倾向于严格执行保密协议，尤其是您曾担任关键岗位或掌握敏感信息时。
     
   • 协商一致辞职：若您与单位协商一致离职，且单位同意您继续工作（如调岗至不涉及保密的岗位），则需以书面协议形式明确双方权利义务，避免后续纠纷。
     
   • 单位违法解除：若单位存在违法解除劳动合同的情形（如未支付劳动报酬、未缴纳社保等），您可主张继续履行合同或要求赔偿，但需通过劳动仲裁或诉讼程序解决。

3. 单位态度的关键性
   即使保密协议有效，单位仍可能基于实际需求（如人员短缺、项目需要）同意您继续工作。此时需注意：

   • 协议变更：双方可协商修改保密协议条款（如缩短竞业限制期限、调整岗位），但需书面确认；
     
   • 经济补偿：若原协议约定了竞业限制经济补偿，单位需按约定支付；若未约定，您可依据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第36条，要求单位按月支付补偿（标准为劳动合同解除前12个月平均工资的30%，且不低于当地最低工资标准）。

4. 实务建议

   • 审查协议条款：确认保密协议是否约定竞业限制、具体期限、补偿标准及违约责任；
     
   • 与单位沟通：以书面形式提出继续工作的申请，明确岗位、工作内容及保密义务的调整方案；
     
   • 留存证据：若单位同意继续工作，务必签订补充协议；若拒绝，需保留沟通记录（如邮件、微信）作为后续维权依据；
     
   • 咨询专业意见：若协议条款复杂或涉及高额补偿，建议提前分析风险，制定应对策略。

总结：保密协议有效期内继续在原单位工作需满足“协议允许+单位同意”双重条件。若单位拒绝，您需评估是否通过法律途径主张权益（如主张协议无效或要求补偿）；若单位同意，则需通过书面协议明确新岗位的保密义务及补偿安排。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体条款或案例。