结论概述：在老板未允许的情况下，店员擅自离职，工资的计算方式主要取决于离职的具体原因、劳动合同中的相关条款以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析。
一、劳动合同与规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工离职的程序和条件，以及未按规定离职的后果（如扣减工资、承担违约责任等），那么店员擅自离职可能面临按照合同约定处理的风险。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。双方应按照劳动合同的约定履行各自的义务。
用人单位规章制度：
- 用人单位可能制定了内部规章制度，对员工的离职行为进行规范。如果店员违反了这些规章制度，用人单位可能依据规章制度对店员进行处罚，包括扣减工资。
- 注意点：规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，否则可能对员工不产生约束力。
二、法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 分析：即使店员擅自离职，用人单位也应支付其已提供劳动部分的工资，除非劳动合同或规章制度中有明确规定且合法合理。
擅自离职的后果：
- 擅自离职可能构成违约行为，店员可能需要承担违约责任，如赔偿用人单位因离职造成的损失。
- 但：这并不意味着用人单位可以随意扣减店员的工资。用人单位应依法进行损失计算，并确保扣减的工资不超过法定限额。
三、实际操作建议
店员角度：
- 在离职前，应尽量与用人单位协商，按照劳动合同和规章制度的规定办理离职手续。
- 如果确实需要擅自离职，应了解可能面临的法律后果，并做好相应的准备。
用人单位角度：
- 应制定合法合理的劳动合同和规章制度，明确员工离职的程序和条件。
- 在处理擅自离职的员工时，应依法进行，避免侵犯员工的合法权益。
- 工资计算示例：假设店员月工资为5000元，工作了20天后擅自离职。按照法律规定，用人单位应支付其20天的工资，即\(5000元 \div 30天 \times 20天 = 3333.33元\)（具体计算方式可能因地区和公司政策而异，但原理相同）。
四、特殊情况考虑
- 如果店员擅自离职给用人单位造成了重大损失，用人单位在依法计算损失后，可以要求店员进行赔偿。但赔偿金额应合理，且不得超过店员当月工资的20%（具体比例可能因地区而异），同时剩余工资不得低于当地最低工资标准。
总结与建议：店员在擅自离职前，应充分了解劳动合同、规章制度以及相关法律法规的规定，以避免不必要的法律风险。用人单位也应依法制定和执行相关规章制度，确保员工的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。