结论：是否合法取决于具体的工资计算方式、劳动合同约定以及公司规章制度等因素，不能仅凭“因为有三十一号，只按九天算”这一表述就断定其合法性。
分析：
劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定工资支付的方式、时间等关键条款。如果劳动合同中明确规定了工资的计算方式，并且该方式不违反法律法规的强制性规定，那么公司应当按照劳动合同的约定来支付工资。
- 如果劳动合同中没有明确规定工资的计算方式，或者规定的方式存在模糊之处，那么就需要参考公司规章制度或者行业惯例来确定。
公司规章制度：
- 公司有权制定规章制度来规范员工的工资计算和支付方式，但这些规章制度必须合法、合理，并且经过民主程序制定和公示。
- 如果公司的规章制度中明确规定了因为月份天数不同而调整工资计算方式的情况，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照这一规定来支付工资可能是合法的。
- 然而，如果公司的规章制度中没有这样的规定，或者规定的方式不合理、不公平，那么公司不能仅凭“因为有三十一号，只按九天算”这一理由来减少员工的工资。
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的规定，员工有权获得与其劳动相对应的工资报酬。公司不得无故克扣或者拖欠员工的工资。
- 如果公司因为月份天数不同而减少员工的工资，并且这种减少没有合理的依据和合法的程序，那么这种行为可能构成违法克扣工资，员工有权向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：
- 核实劳动合同和公司规章制度：首先，你需要核实自己的劳动合同和公司规章制度中关于工资计算和支付方式的规定，看看是否有明确的规定支持公司的做法。
- 与公司沟通协商：如果劳动合同和公司规章制度中没有明确规定，或者规定的方式不合理、不公平，你可以与公司进行沟通协商，要求公司按照实际出勤天数来支付工资。
- 寻求法律援助：如果公司拒绝支付合理的工资，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，你也可以寻求专业律师的帮助来处理这一纠纷。
可能后果：
- 如果公司的做法违反了法律法规的强制性规定或者劳动合同的约定，那么公司可能需要承担支付拖欠工资、赔偿损失等法律责任。
- 如果员工因为公司的违法行为而提起劳动仲裁或者诉讼，并且最终获得了胜诉判决，那么公司还需要承担员工因此产生的律师费、诉讼费等额外费用。