调休90天作废是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来分析。以下是从不同角度对此问题的详细解答：
一、调休的基本规定
调休通常指的是用人单位根据工作需要，安排劳动者在休息日工作，并在之后安排劳动者补休的行为。调休的目的是为了保障劳动者的休息权，同时满足用人单位的生产经营需要。关于调休的具体规定，主要依据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规。
二、调休作废的合法性分析
合同约定优先：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了调休的有效期（如90天内必须使用完毕，否则作废），且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是有效的。在这种情况下，调休90天作废是合法的。
无明确约定时的处理：
- 如果劳动合同中没有明确约定调休的有效期，或者约定不明确，那么用人单位不能单方面规定调休90天作废。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保障劳动者的这一权利。因此，在没有明确约定的情况下，用人单位不能随意剥夺劳动者的调休权利。
用人单位规章制度的规定：
- 如果用人单位的规章制度中规定了调休的有效期，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么这种规定在一定程度上是可以约束劳动者的。但是，即使规章制度中有这样的规定，如果劳动者提出异议，或者该规定显失公平，也可能面临被认定为无效的风险。
三、法律建议
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于调休、休假等方面的规定，确保自己的权益得到保障。
- 如果用人单位提出调休90天作废的规定，且该规定没有法律依据或合同依据，劳动者可以拒绝接受，并向用人单位提出异议。
- 如果因调休问题与用人单位发生争议，劳动者可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 在制定规章制度或劳动合同条款时，应确保内容合法、合规，不侵犯劳动者的合法权益。
- 如果需要规定调休的有效期，应与劳动者进行充分协商，并在合同或规章制度中明确约定，以确保约定的有效性和可执行性。
- 在处理调休问题时，应遵循公平、合理的原则，避免单方面剥夺劳动者的调休权利。
总结来说，调休90天作废是否合法，取决于劳动合同中的约定、用人单位规章制度的规定以及相关法律法规的适用。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。