被保险人获得的第三方赔偿是否包含合作医疗的报销部分，需分情况讨论，结论如下：

1. 合作医疗的性质属于社会保险范畴，通常不被视为“第三方赔偿”
   合作医疗（即新型农村合作医疗，现整合为城乡居民基本医疗保险）是由政府主导的社会保险制度，其报销是基于参保人缴纳保费后享有的法定福利，而非因侵权或合同关系由第三方（如加害人、保险公司）主动赔偿。因此，合作医疗的报销部分一般不属于法律意义上的“第三方赔偿”，被保险人可同时获得医保报销和商业保险理赔（如有）。

2. 若存在第三方侵权（如交通事故），合作医疗报销与侵权赔偿可能需区分处理
   根据《社会保险法》第三十条，医疗费用依法应当由第三人负担的，不纳入医保报销范围；若第三人不支付或无法确定第三人，医保可先行垫付，并有权向第三人追偿。

   • 实践中的操作：若被保险人已通过合作医疗报销部分医疗费，后续向侵权方索赔时，侵权方仍需全额赔偿医疗费（包括医保已报销部分），但被保险人需将医保报销凭证提交给医保机构，避免重复获赔。
     
   • 商业保险的协调：若被保险人购买了商业医疗险，部分产品会约定“医保已报销部分不重复赔付”，但侵权方的赔偿不受此限制。

3. 商业保险合同中的“第三方赔偿”条款需具体分析
   若被保险人投保的商业保险（如意外险、医疗险）条款中明确将“社会保险报销”排除在“第三方赔偿”之外，则合作医疗报销不影响商业保险理赔；若条款未明确区分，可能引发争议，此时需结合保险法原理（如损失补偿原则）和合同解释规则判断。

建议：

• 保留所有医疗费用发票、医保结算单及第三方赔偿协议，以便后续理赔或诉讼；
  
• 若涉及侵权纠纷，及时咨询律师，确保医保、商业保险和侵权赔偿的协调处理；
  
• 投保商业保险时，仔细阅读条款，明确“第三方赔偿”的定义范围。
  

如有具体案件或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。