结论：停薪留职期间跑单（即从事其他工作获取收入）的行为是否合法及如何处理，需结合停薪留职协议的具体约定、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下是具体分析：

1. 停薪留职协议的约定是首要依据
   停薪留职通常是劳动者与用人单位协商一致的结果，双方会签订书面协议明确权利义务。若协议中明确约定“停薪留职期间不得从事其他工作”或“需经公司同意方可兼职”，而劳动者未经允许跑单，则构成违约。此时公司有权依据协议要求劳动者停止兼职、承担违约责任（如赔偿损失），甚至解除劳动关系。
   建议：立即查看停薪留职协议的条款，确认是否有禁止性规定。若有，需尽快与公司沟通，说明情况并寻求谅解；若无明确禁止，则需进一步结合公司制度判断。

2. 公司规章制度的影响
   即使协议未明确禁止，若公司规章制度（如《员工手册》）中规定“停薪留职期间不得兼职”，且该制度已通过民主程序制定并公示（或劳动者已知悉），则劳动者仍需遵守。违反制度可能面临纪律处分，甚至被公司以“严重违反规章制度”为由解除合同。
   建议：查询公司内部制度，确认是否有相关限制。若有，需评估跑单行为是否已达到“严重违反”的程度（如影响本职工作、泄露商业秘密等），并准备应对公司可能的处理措施。

3. 法律法规的底线
   根据《劳动合同法》及相关规定，劳动者在停薪留职期间仍与用人单位存在劳动关系，但需注意以下法律边界：

   • 竞业限制：若劳动者与公司签订了竞业限制协议，跑单行为涉及同类业务或竞争单位，则可能违反竞业限制义务，需支付违约金并赔偿损失。
     
   • 保密义务：若跑单过程中泄露公司商业秘密，可能承担民事赔偿责任，甚至涉嫌刑事犯罪（《刑法》第二百一十九条）。
     
   • 双重劳动关系限制：部分行业（如公务员、事业单位人员）或特殊岗位（如高管、财务）可能被法律或行业规范禁止兼职，需结合具体身份判断。
     建议：评估跑单行为是否涉及竞业限制、保密义务或行业禁止性规定。若存在风险，需立即停止并采取补救措施（如签署保密协议、调整兼职内容）。

4. 公司的处理方式及应对策略
   若公司发现跑单行为，可能采取以下措施：

   • 要求停止兼职：公司可口头或书面通知劳动者停止跑单，恢复停薪留职状态。
     
   • 扣发待遇：若协议约定停薪留职期间公司仍支付部分待遇（如社保补贴），公司可能以“违约”为由扣发或要求返还。
     
   • 解除合同：若跑单行为严重违反协议、制度或法律，公司可单方解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
     应对策略：
     
   • 主动沟通：向公司说明跑单原因（如经济困难），争取谅解并协商解决方案（如调整兼职时间、签署补充协议）。
     
   • 保留证据：若公司处理不当（如无故扣发工资、违法解除合同），需保留协议、制度、沟通记录等证据，后续可通过劳动仲裁维权。
     
   • 法律咨询：若涉及复杂法律问题（如竞业限制纠纷），可进一步向我咨询具体应对方案。

总结：停薪留职期间跑单的法律风险取决于协议约定、公司制度及法律规定。建议优先通过沟通协商解决，若无法达成一致，需评估自身行为的合法性并做好应对准备。如有具体协议条款或公司处理措施需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步为你解答。