核心结论：公司让人签了停薪留职协议后中途“跑了”（即失联、倒闭或不再履行协议义务），员工可采取以下措施维护自身权益，具体分情况说明：

1. 若公司“跑了”属于暂时失联或经营困难，但未正式注销

• 主张停薪留职协议的履行或解除：
  根据《劳动合同法》及相关规定，停薪留职协议需双方协商一致，且公司应按约定支付基本生活费或缴纳社保。若公司未履行义务，员工可书面通知公司解除协议，并要求：
  
  • 补发停职期间的基本生活费（若协议有约定）；
    
  • 补缴社保和公积金（若未缴纳）；
    
  • 恢复劳动关系或支付经济补偿（若公司明确表示无法继续履行协议）。
    
• 通过劳动仲裁或诉讼维权：
  若公司拒不回应，员工可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，主张上述权益。仲裁裁决后公司仍不履行的，可向法院申请强制执行。

2. 若公司“跑了”属于倒闭、破产或被注销

• 申报债权：
  若公司进入破产程序，员工需在法院规定的期限内申报债权（包括工资、经济补偿、社保欠缴等）。根据《企业破产法》，员工工资和社保属于优先清偿范围，但需以公司剩余资产为限。
  
• 申请劳动监察介入：
  若公司未进入破产程序但已失联，员工可向当地劳动监察大队投诉，要求查处公司违法行为（如拖欠工资、未缴社保），并协助追讨权益。
  
• 主张经济补偿：
  若公司因经营不善单方解除劳动合同（如未提前通知或未支付补偿），员工可要求按工作年限支付经济补偿（每满1年支付1个月工资）。

3. 若停薪留职协议本身存在违法情形

• 协议无效的情形：
  若协议未协商一致、强迫签订，或约定内容违反法律（如长期停薪留职且不支付任何费用），员工可主张协议无效，要求公司恢复劳动关系或支付违法解除赔偿金（2倍经济补偿）。
  
• 证据收集关键点：
  需保留协议原件、公司失联证据（如公告、通知）、工资发放记录、社保缴纳记录等，以证明公司违约或违法行为。

行动建议

1. 立即联系公司：通过书面函件、邮件或短信要求公司回应，固定证据；
   
2. 咨询劳动部门：向当地劳动仲裁委或劳动监察大队咨询具体流程；
   
3. 准备法律文书：根据情况起草仲裁申请书或债权申报材料；
   
4. 关注公司动态：若公司进入破产程序，及时参与债权人会议。
   

温馨提示：此类案件需结合具体证据和公司状态分析，建议尽快行动以避免超过仲裁时效（1年）。如有进一步疑问，可直接向我咨询细节。