就业协议涂改后的处理方式需根据涂改的具体情况来定，以下是详细分析：

1. 若涂改内容不影响协议核心条款且双方认可
   如果涂改内容仅涉及非核心条款（如打印错误、笔误等），且双方均对涂改内容无异议，建议在涂改处由双方签字或盖章确认，并注明涂改日期。这种方式可视为双方对协议内容的补充约定，不影响协议整体效力。

2. 若涂改内容涉及核心条款且双方未达成一致
   若涂改涉及薪资、岗位、工作地点等核心条款，且双方未就涂改内容达成一致，此时协议可能因“重大误解”或“显失公平”存在效力瑕疵。建议采取以下措施：

   • 重新签订协议：双方协商一致后，废止原协议并重新签订，避免后续纠纷；
     
   • 补充书面确认：若无法重新签订，可就涂改内容单独签订补充协议，明确双方权利义务。

3. 若单方涂改且未告知对方
   若一方未经对方同意擅自涂改协议（如用人单位单方修改薪资条款），该涂改行为可能因违反《民法典》第148条（欺诈）或第151条（显失公平）被认定为无效。此时另一方可主张：

   • 协议部分无效：涂改部分无效，但其他条款仍有效；
     
   • 解除协议：若涂改导致协议目的无法实现，可要求解除协议并主张赔偿。

4. 若涂改后已实际履行
   若双方已按涂改后的内容实际履行（如员工已按涂改后的薪资入职），可视为双方以实际行为对协议内容进行了变更。此时即使未签订书面补充协议，法院也可能根据履行情况认定涂改内容有效。

温馨提示：
就业协议是双方权利义务的重要依据，涂改需谨慎。建议签订前仔细核对条款，涂改时务必双方确认并留存证据。若对协议效力存疑，可直接向我咨询，我会结合具体条款和实际情况为您详细分析。