公司确定存在关联交易时，处罚的对象通常是公司本身，而非直接处罚法人（法定代表人），但法人可能因公司行为承担相应责任。以下从不同角度详细分析：
一、关联交易的法律性质与责任主体
关联交易本身：关联交易是指公司与其关联人之间进行的交易。这种交易在商业活动中是常见的，但必须遵循公平、公正、公开的原则，确保交易条件不损害公司及其他股东的利益。如果关联交易违反了这些原则，就可能构成违法。
责任主体：在关联交易违法的情况下，责任主体通常是公司本身。因为公司是交易的一方，且交易行为是以公司的名义进行的。公司需要对其关联交易行为负责，并承担相应的法律后果。
二、法人（法定代表人）的责任
直接责任：法人作为公司的代表，在关联交易中可能扮演重要角色。然而，法人本身并不直接因关联交易而受到处罚，除非其个人行为违反了法律或公司章程的规定。例如，如果法人利用关联交易进行利益输送、侵占公司资产等违法行为，那么其个人将承担相应的法律责任。
间接责任：在某些情况下，法人可能因公司的违法行为而承担间接责任。这通常发生在法人未能履行其作为公司代表的职责，如未对关联交易进行充分审查、未确保交易公平等。在这种情况下，法人可能因疏忽或过失而承担一定的法律责任，但这种责任通常是通过公司来承担的，即公司可能因法人的行为而受到处罚，进而影响到法人的个人利益（如声誉、薪酬等）。
三、具体处罚措施
对公司：如果关联交易被认定为违法，公司可能面临多种处罚措施，包括但不限于罚款、没收违法所得、责令改正、限制业务活动等。这些处罚措施旨在纠正公司的违法行为，保护公司及其他股东的利益。
对法人：如前所述，法人本身并不直接因关联交易而受到处罚。但是，如果法人的行为构成违法或违反公司章程的规定，其可能面临个人责任，如民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。这些责任取决于法人行为的具体性质和后果。
四、实际案例与法律适用
在实际操作中，关联交易的违法性认定和责任追究通常涉及复杂的法律适用和事实认定问题。例如，需要判断交易条件是否公平、是否损害了公司及其他股东的利益、法人是否履行了其职责等。因此，在处理关联交易违法案件时，需要综合考虑多种因素，并依据相关法律法规和司法解释进行认定和处罚。
建议：如果公司涉及关联交易问题，建议及时咨询专业律师，对交易进行全面审查，确保交易合法合规。同时，公司应建立健全内部控制制度，加强对关联交易的监督和管理，以防范潜在的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。