在处理非法关联交易案件时，确定被告是一个关键问题。针对您提出的“是以法定代表人为被告还是以关联公司为被告”的问题，以下是我的详细分析：
以关联公司为被告：
- 核心观点：在大多数情况下，非法关联交易主要涉及的是关联公司之间的不当行为，这些行为可能损害了公司、股东或其他利益相关者的权益。因此，将关联公司列为被告是更为直接和常见的做法。
- 法律依据：根据《公司法》及相关法律法规，公司应当独立承担民事责任，其法定代表人或高管人员的行为若代表公司，则责任通常由公司承担。当然，如果法定代表人或高管人员存在个人过错或违法行为，且该行为与非法关联交易有直接关联，他们也可能需要承担个人责任，但这并不改变关联公司作为主要被告的地位。
- 实践建议：在起诉时，应首先明确关联公司的身份和其在非法关联交易中的角色，收集相关证据以证明其违法行为，并据此向法院提起诉讼。
以法定代表人为被告的特殊情况：
- 核心观点：虽然关联公司通常是非法关联交易的主要被告，但在某些特殊情况下，法定代表人也可能需要单独承担责任。这主要取决于法定代表人在非法关联交易中的具体行为和过错程度。
- 法律依据：根据《民法典》及相关司法解释，如果法定代表人超越职权范围，以公司名义从事民事活动，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。此外，如果法定代表人存在故意或重大过失，导致公司利益受损，且该行为与非法关联交易有直接关联，他们也可能需要承担个人责任。
- 实践建议：在决定是否将法定代表人列为被告时，应仔细审查其在非法关联交易中的具体行为和过错程度。如果证据表明其存在个人过错或违法行为，且该行为与非法关联交易有直接关联，那么可以考虑将其列为共同被告或单独被告。
综上所述，在处理非法关联交易案件时，通常应以关联公司为被告。但在某些特殊情况下，如果法定代表人存在个人过错或违法行为，且该行为与非法关联交易有直接关联，那么也可以考虑将其列为被告。具体案件中应如何确定被告，还需根据案件事实、证据以及相关法律法规进行综合判断。
如果您在处理此类案件时遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。