结论：公司本该付给甲方的款项，在特定条件下可以直接付给乙方，这通常涉及到“债权转让”或“第三人代为履行”的法律概念。不过，具体能否直接支付以及需要满足的条件，需根据实际情况和相关法律规定来判断。
一、债权转让的情况
债权转让的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，但有下列情形之一的除外：（一）根据债权性质不得转让；（二）按照当事人约定不得转让；（三）依照法律规定不得转让。
- 在本案例中，如果甲方对公司的债权不属于上述不得转让的情形，且甲方与乙方之间达成了债权转让的协议，那么甲方可以将其对公司的债权转让给乙方。
债权转让的通知义务：
- 债权人转让债权，未通知债务人的，该转让对债务人不发生效力。
- 因此，在甲方将债权转让给乙方后，必须及时通知公司，否则公司有权拒绝向乙方支付款项。
公司同意或确认：
- 尽管债权转让在通知债务人后即对债务人产生效力，但为了确保交易的顺利进行和避免潜在的纠纷，公司最好能够书面确认同意该债权转让，或者在实际支付时与乙方签订相关的支付协议。
二、第三人代为履行的情况
第三人代为履行的定义：
- 第三人代为履行是指第三人依照合同当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人并不取代债务人的地位，债权人也不得直接向第三人请求履行债务，而应该向债务人主张权利。
- 在本案例中，如果甲方、乙方和公司三方达成协议，约定由公司直接向乙方支付原本应支付给甲方的款项，这可以视为一种第三人代为履行的安排。
第三人代为履行的条件：
- 必须有合法有效的合同存在，且合同中明确约定了由第三人代为履行的条款。
- 第三人（即公司）必须同意代为履行，且该履行不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 债权人（即甲方）和债务人（在某种意义上，这里的“债务人”角色可能由原本应接收款项的甲方转变为需要支付款项的公司，但更准确的描述是，公司是原本应支付款项给甲方的义务方，现在同意直接支付给乙方）之间应就第三人代为履行达成一致。
三、实际操作建议
签订书面协议：
- 无论选择债权转让还是第三人代为履行的方式，都建议签订书面协议以明确各方的权利和义务，避免潜在的纠纷。
通知与确认：
- 在债权转让的情况下，确保及时通知公司并获取其确认；在第三人代为履行的情况下，确保所有相关方都明确同意并签署相关协议。
咨询专业律师：
- 由于涉及复杂的法律关系和潜在的纠纷风险，建议在操作前咨询专业律师以获取具体的法律建议和指导。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面、准确的法律解答。
四、可能的风险与后果
如果未经公司同意擅自转让债权或安排第三人代为履行：
- 公司有权拒绝支付款项给乙方，并可能要求甲方承担违约责任。
如果债权转让或第三人代为履行的协议存在瑕疵或无效情形：
- 可能导致相关方之间的纠纷和诉讼，增加交易成本和风险。
因此，在处理此类问题时，务必谨慎行事并遵循相关法律规定和程序。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。