结论：在对方公司已注销的情况下，处理其留存在您处的保证金，需根据注销时的清算情况、债权债务处理情况以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、清算程序与债权债务处理
清算程序完成情况：
- 首先，需要确认对方公司是否已经完成了合法的清算程序。根据《公司法》及相关规定，公司注销前必须进行清算，清算组应当清理公司财产，编制资产负债表和财产清单，并通知债权人申报债权。
- 如果清算程序已经合法完成，且清算报告中明确提到了该保证金的处理情况（如已作为公司财产进行分配或已预留用于清偿特定债务），则应按照清算报告的处理方式进行。
债权债务处理：
- 若清算程序中未对该保证金进行明确处理，或清算报告未提及，则需进一步分析该保证金的性质及双方之间的约定。
- 如果保证金是基于双方之间的合同或协议而留存的，且合同或协议中未规定公司注销后保证金的处理方式，那么可能需要与对方公司的原股东或清算义务人进行协商，以确定保证金的退还方式。
二、保证金退还的法律依据与操作
法律依据：
- 根据《民法典》中关于合同和债权债务的相关规定，如果保证金是基于合同关系而留存的，且合同关系因公司注销而终止，那么除非合同中有特别约定，否则保证金应当退还给对方。
- 同时，如果对方公司注销时未依法清算或未通知债权人申报债权，导致您无法及时主张权利，您可能还有权要求对方公司的原股东或清算义务人承担相应的法律责任。
操作建议：
- 收集证据：首先，收集与保证金相关的所有证据，包括合同、协议、付款凭证、对方公司注销的相关文件等。
- 协商退还：尝试与对方公司的原股东或清算义务人进行协商，说明情况并要求退还保证金。
- 法律途径：如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这可能包括向法院提起诉讼或申请仲裁等。
三、特殊情况处理
对方公司存在未了结债务：
- 如果对方公司注销时存在未了结的债务，且该保证金可能被用于清偿这些债务，那么您需要谨慎处理。在这种情况下，最好先与对方公司的债权人或清算义务人进行沟通，了解债务情况，并确保保证金的退还不会损害其他债权人的利益。
保证金性质特殊：
- 如果保证金具有特殊的性质或用途（如履约保证金、质量保证金等），且合同或协议中对此有特别约定，那么您需要按照约定来处理保证金。如果约定不明确或存在争议，可能需要通过法律途径来明确保证金的性质和处理方式。
进一步思考与行动建议：
- 在处理此类问题时，建议您保持谨慎和细致的态度。首先，尽可能收集全面的证据和信息，以了解对方公司的注销情况、清算程序以及保证金的性质和处理方式。
- 其次，与对方公司的原股东或清算义务人进行积极沟通，尝试通过协商来解决问题。如果协商无果或存在争议，及时寻求法律帮助并考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 最后，如果您在处理过程中遇到任何疑问或困惑，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。