结论：除劳动合同之外的协议，如果仅公司留存而不给员工，该补充协议是否有效不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从多个角度进行分析：

1. 协议生效的基本条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，以及不违背公序良俗。因此，补充协议的有效性首先需满足这些基本条件。
   • 如果补充协议本身内容合法，且双方（即公司和员工）在签订时均具备相应的民事行为能力，且意思表示真实，那么该协议在形式上应当是有效的。

2. 协议交付与生效的关系：

   • 协议的交付（即公司给员工一份协议）并不是协议生效的必要条件。协议的生效主要取决于双方是否达成合意，即是否就协议内容达成一致并签字或盖章确认。
   • 然而，从实践角度来看，如果公司仅留存协议而不给员工，这可能导致员工对协议内容不知情或存在误解，进而可能引发争议。在这种情况下，如果员工能够证明其未收到或未同意协议内容，那么该协议可能对员工不产生法律效力。

3. 公司未交付协议的法律后果：

   • 如果公司未将补充协议交付给员工，且员工对此不知情或未同意，那么该协议可能因缺乏员工的真实意思表示而被视为无效或可撤销。
   • 此外，如果公司因此损害了员工的合法权益（如未按照协议约定支付工资、福利等），员工有权要求公司承担相应的法律责任。

4. 建议与措施：

   • 对于员工而言，如果发现公司仅留存补充协议而不给自己，应及时与公司沟通并要求获取协议副本。如果公司拒绝提供，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 对于公司而言，应确保所有与员工签订的协议都得到双方的确认和留存，以避免因协议交付问题而引发的法律纠纷。同时，公司也应尊重员工的知情权，确保员工对协议内容有充分的了解。

进一步思考：在实际操作中，协议的交付和留存往往涉及到证据的保存和证明问题。因此，无论是公司还是员工，都应妥善保管好与协议相关的所有文件和证据，以备不时之需。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。