结论：乡政府以资料缺失为由回复宅基地信息公示申请是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、乡政府有依法公开宅基地信息的义务
根据《中华人民共和国政府信息公开条例》的相关规定，行政机关应当依法公开其制作或保存的政府信息，以保障公民、法人和其他组织的知情权。宅基地信息作为与村民切身利益相关的重要信息，乡政府有义务在合理范围内进行公开。因此，如果乡政府确实保存有完整的宅基地信息，且该信息属于应当公开的范围，那么乡政府以资料缺失为由拒绝公开是不合法的。
二、资料缺失可能构成合法拒绝公开的理由
然而，如果乡政府确实因为历史原因、管理疏忽或其他客观因素导致宅基地信息资料缺失，且无法通过其他途径获取或恢复这些信息，那么乡政府以资料缺失为由回复申请可能是合法的。但这种情况下，乡政府应当提供充分的证据证明资料确实缺失，并说明无法获取或恢复的原因。同时，乡政府还应积极采取措施，如加强档案管理、完善信息收集机制等，以防止类似情况再次发生。
三、申请人的权利与救济途径
如果申请人认为乡政府以资料缺失为由拒绝公开宅基地信息是不合法的，可以采取以下措施：
与乡政府沟通协商：申请人可以首先与乡政府进行沟通，了解资料缺失的具体情况，并要求乡政府提供充分的证据证明资料确实缺失。如果乡政府无法提供充分证据，申请人可以要求乡政府重新考虑其回复。
申请行政复议：如果沟通协商无果，申请人可以向上一级行政机关申请行政复议，要求复议机关对乡政府的回复进行审查，并作出相应的复议决定。
提起行政诉讼：如果申请人对行政复议结果不满意，还可以向人民法院提起行政诉讼，要求法院对乡政府的回复进行司法审查，并作出公正的判决。
四、建议与注意事项
在申请公开宅基地信息时，尽量提供详细的信息和线索：这有助于乡政府更准确地定位和查找相关信息，减少因资料缺失而导致的拒绝公开情况。
保留好相关证据和文件：在申请过程中，申请人应保留好与申请相关的所有证据和文件，如申请书、回复函、沟通记录等。这些证据和文件在后续的行政复议或行政诉讼中可能起到关键作用。
及时咨询专业律师：如果申请人对乡政府的回复有疑问或不满，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和救济途径，并寻求专业的法律帮助。
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