结论：乡政府书记指派执法队处理农民之间宅基地纠纷的合法性需分情况讨论，关键在于是否符合法定程序和职权范围。具体分析如下：

1. 乡政府是否有权处理宅基地纠纷？

根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。宅基地属于集体土地，因此乡政府作为基层人民政府，有权受理并处理农民之间的宅基地使用权争议。但需注意：

• 乡政府处理的是“使用权争议”，若涉及宅基地权属登记错误等行政行为，则需通过行政复议或诉讼解决；
• 处理程序需符合《土地权属争议调查处理办法》，包括立案、调查、调解、裁决等步骤，且需保障当事人陈述、申辩、复议等权利。

2. 乡政府书记指派执法队处理是否合法？

需分两种情形判断：

• 情形一：执法队仅协助调查取证
  若执法队仅受乡政府委托，对争议宅基地的边界、使用现状等进行调查取证（如测量土地、询问证人等），且不直接作出裁决或强制措施，则属于合法辅助行为。但需注意：

  • 执法队需在乡政府统一指挥下行动，不得超越职权；
  • 调查结果需作为乡政府裁决的依据，而非由执法队直接定论。

• 情形二：执法队直接介入裁决或强制执行
  若执法队直接对纠纷作出裁决（如划定宅基地边界），或采取强制措施（如拆除建筑物、清退土地），则可能违法，原因包括：

  • 职权越位：宅基地纠纷裁决权属于乡政府，执法队通常无权直接裁决；
  • 程序违法：强制执行需依据法院裁定或行政机关的合法行政决定，执法队无权自行强制执行；
  • 主体不适格：若执法队属于综合执法队伍，其职权范围需由法律、法规明确授权，否则可能构成“以队代府”。

3. 农民如何维护自身权益？

若认为乡政府或执法队处理违法，可采取以下措施：

• 申请行政复议：向县级政府申请复议，要求撤销违法处理决定；
• 提起行政诉讼：直接向法院起诉，请求确认乡政府或执法队行为违法；
• 投诉举报：向纪检监察机关举报执法队越权、滥用职权等行为。

建议：若遇到此类纠纷，可先要求乡政府出示处理依据和程序文件，确认执法队是否在法定权限内行动。如有疑问，可直接向我咨询具体程序和证据收集要点。