结论概述：在医药公司挂靠厂家进行销售，并签订协议禁止挂网销售，但购药企业仍挂网销售的情况下，责任归属需根据具体情况分析，可能涉及医药公司、购药企业以及厂家等多方的责任。
详细分析：
医药公司的责任：
- 合同违约：如果医药公司与厂家签订的协议中明确禁止挂网销售，而医药公司未能有效监督购药企业遵守此规定，导致购药企业挂网销售，医药公司可能构成对厂家的合同违约，需承担相应的违约责任。
- 监管不力：医药公司作为销售链条的一环，对购药企业的销售行为负有一定的监管责任。若因医药公司监管不力导致购药企业违规挂网销售，医药公司可能需承担一定的管理责任。
购药企业的责任：
- 合同违约：购药企业作为与医药公司签订购买协议的另一方，若协议中明确禁止挂网销售，而购药企业仍进行挂网销售，则购药企业构成对医药公司的合同违约，需承担违约责任。
- 侵权责任：若购药企业的挂网销售行为侵犯了厂家的知识产权（如商标权、专利权等）或其他合法权益，购药企业还需承担侵权责任。
厂家的责任：
- 若厂家无过错：如果厂家已经按照协议约定履行了义务，且对购药企业的挂网销售行为不知情或无法控制，则厂家通常不承担责任。
- 若厂家有过错：如果厂家在协议履行过程中存在过错（如未提供必要的支持或协助导致医药公司无法有效监管购药企业），或者厂家与购药企业存在串通行为，则厂家可能需承担相应的责任。
法律建议：
- 审查协议条款：首先，应仔细审查医药公司与厂家、医药公司与购药企业之间签订的协议条款，明确各方的权利和义务，特别是关于销售渠道和方式的约定。
- 收集证据：在发生纠纷时，各方应积极收集证据，包括协议文本、销售记录、沟通记录等，以证明自己的行为符合协议约定或证明对方的违约行为。
- 协商解决：在纠纷初期，各方可以尝试通过协商解决争议，以节省时间和成本。
- 法律途径：如果协商无果，各方可以通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应充分准备证据，明确自己的诉求和理由。
可能后果：
- 若购药企业的挂网销售行为被认定为违约或侵权，可能面临赔偿损失、支付违约金、停止侵权行为等法律后果。
- 若医药公司或厂家因监管不力或过错行为被认定为责任方，也可能面临相应的法律责任和经济损失。
如有进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。