医院作为用人单位，面对员工提交的长期孕期病假假条存在一半真实、一半虚假的情况，可采取以下措施依法处理：

1. 核实假条真实性
   医院人事科应首先通过内部医疗资源或委托第三方机构，对员工提交的病假证明（如诊断证明、病历、检查报告等）进行核实。若发现部分假条系伪造或篡改，需固定证据（如对比医院原始记录、要求出具假条的医生说明情况等），为后续处理提供依据。

2. 区分处理真实与虚假部分

   • 真实部分：若员工确实存在需要休假的医学依据（如孕期并发症），医院应依法保障其病假权益，按规章制度支付病假工资（通常为当地最低工资的80%或合同约定比例），并保留相关医疗记录作为档案。
     
   • 虚假部分：对伪造假条的行为，医院可依据《劳动合同法》第39条及内部规章制度（如《员工手册》中关于“欺诈行为”的规定），以“严重违反用人单位规章制度”或“严重失职、营私舞弊”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
     

3. 依法解除劳动合同的流程

   • 调查取证：收集虚假假条的原件、核实记录、证人证言等证据，确保事实清楚、证据充分。
     
   • 通知工会：若医院设立工会，需在解除前将理由通知工会并听取意见（未设立工会的可直接进行下一步）。
     
   • 书面通知：向员工送达《解除劳动合同通知书》，明确解除理由、依据及生效时间，并要求员工签收或通过EMS邮寄（留存邮寄凭证）。
     
   • 办理离职手续：结清工资、经济补偿（如有）、转移社保关系，并出具离职证明。
     

4. 防范法律风险

   • 规章制度合法性：确保《员工手册》中关于“虚假病假”的处罚条款已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示），且内容不违反法律强制性规定（如不得设定“自动离职”等无效条款）。
     
   • 程序合规性：解除程序需严格遵循《劳动合同法》第43条（通知工会）及第40条（提前30日通知或支付代通知金，但本案属第39条情形，无需提前通知）。
     
   • 避免歧视嫌疑：处理过程中需保持客观，避免因员工孕期身份而放宽或加重处罚，防止被认定为“歧视孕妇”。
     

5. 后续应对
   若员工对解除决定不服，可能申请劳动仲裁或提起诉讼。医院需准备充分证据（如假条原件、核实记录、规章制度等）应诉，并强调解除行为的合法性与合理性。

建议：医院可借此机会完善病假管理制度，例如要求员工定期提交复查报告、与定点医院建立假条核实机制等，从源头减少虚假病假风险。如有具体案件细节需进一步分析，可随时向我咨询。