公司可通过内部处理、协商、民事诉讼或刑事控告（若涉嫌犯罪）等方式追讨在职员工借款。具体分析如下：

1. 内部处理与协商

   • 核实借款事实与证据：公司应首先核实借款事实，包括借款金额、借款时间、借款用途以及是否有书面借款协议等。同时，收集并整理相关证据，如借款申请单、转账记录、员工签字确认的借款协议等，以证明借款关系的存在。
   • 内部沟通与协商：在确认借款事实后，公司可以尝试与员工进行内部沟通，了解其不还款的原因，并尝试通过协商达成还款协议。协商过程中，公司可以明确还款期限、还款方式等具体条款，并要求员工签署书面还款承诺。

2. 民事诉讼途径

   • 提起诉讼：若内部沟通与协商无果，公司可以向法院提起民事诉讼，要求员工归还借款。在提起诉讼前，公司应确保已收集到充分的证据，以支持其诉讼请求。
   • 诉讼流程：诉讼流程包括提交起诉状、法院受理、开庭审理、判决等步骤。在诉讼过程中，公司应积极配合法院的工作，提供必要的证据和材料，以维护自身合法权益。
   • 执行判决：若法院判决员工归还借款，但员工仍不履行还款义务，公司可以向法院申请强制执行。法院将依法对员工的财产进行查封、扣押、拍卖等措施，以强制其履行还款义务。

3. 刑事控告（如涉嫌犯罪）

   • 涉嫌犯罪的情形：若员工借款后拒不归还，且数额较大，可能涉嫌构成诈骗罪或职务侵占罪等刑事犯罪。在此情况下，公司可以向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
   • 刑事控告流程：刑事控告流程包括向公安机关报案、公安机关立案侦查、检察院审查起诉、法院审判等步骤。在刑事控告过程中，公司应积极配合公安机关、检察院和法院的工作，提供必要的证据和材料。

4. 其他注意事项

   • 完善内部管理制度：为避免类似情况再次发生，公司应完善内部管理制度，明确借款审批流程、还款期限等条款，并加强对员工借款行为的监督和管理。
   • 保留相关证据：公司应妥善保管与员工借款相关的所有证据和材料，以备不时之需。这些证据和材料在后续的内部处理、协商、民事诉讼或刑事控告等过程中都将发挥重要作用。