结论：离职扣40%工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合法扣除工资的情形：

   • 法定扣除：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，若因劳动者原因造成损失，且扣除比例未超过当月工资20%，同时扣除后工资不低于最低工资标准，则扣除40%工资中的合法部分（即不超过20%的部分）是合法的，但超出部分不合法。
   • 约定扣除：若劳动合同或公司规章制度中明确规定了离职时工资扣除的具体情形和比例，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定扣除工资可能是合法的。但约定扣除的比例同样不能超过法定上限，即每月扣除不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于最低工资标准。

2. 非法扣除工资的情形：

   • 无合法依据扣除：若用人单位无法提供劳动者造成经济损失的证据，或扣除工资的比例超过了法定上限，或扣除后工资低于当地最低工资标准，则扣除工资的行为是违法的。
   • 违反规章制度扣除：若公司规章制度中未明确规定离职时工资扣除的情形和比例，或规章制度本身违反了法律法规的强制性规定，那么用人单位依据该规章制度扣除工资的行为也是违法的。

法律建议：

• 若您认为用人单位扣除工资的行为违法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其提供扣除工资的合法依据和计算方式。
• 若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若用人单位违法扣除工资，除了需要补发被扣除的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
• 若因违法扣除工资导致劳动者离职，用人单位还可能需要支付经济补偿金。

示例： 假设您的月工资为5000元，因个人原因给用人单位造成了经济损失。根据法律规定，用人单位每月最多可扣除您1000元（即5000元的20%）作为赔偿。若用人单位扣除您2000元工资，则超出法定上限的1000元是不合法的，您有权要求用人单位补发这部分工资。

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