结论前置：公司限制员工注册公司是否违法，需根据具体情况综合判断。一般情况下，公司无权直接限制员工注册公司，但在存在特定限制或禁止情形时，公司的限制可能具有合法性。
一般情况分析
法律允许性：
- 我国法律并未明确禁止劳动者以个人身份投资其他单位或注册公司。因此，从法律层面看，员工注册公司本身并不直接构成违法行为，公司也无权直接限制员工进行此类行为。
员工权利：
- 员工作为独立的法律主体，享有注册公司的权利。只要满足《中华人民共和国公司法》规定的设立条件，员工有权注册自己的公司。
特殊情况分析
违反竞业限制协议：
- 若员工与现公司签订了竞业限制协议，明确约定不得从事与现公司有竞争关系的业务，包括注册相关公司，则公司限制员工注册此类公司具有合法性。
- 违反竞业限制协议，现公司有权追究违约责任，要求支付违约金。
违反公司规章制度或劳动合同：
- 有些公司规章制度或劳动合同中可能明确禁止员工在外注册与公司业务有竞争关系的公司。若员工违反此类规定，公司可依据规章制度进行纪律处分，甚至解除劳动合同。
- 但需要注意的是，公司规章制度或劳动合同中的此类限制必须合法合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
利用职务之便或公司资源：
- 员工在注册和经营外部公司过程中，若利用现公司的商业秘密、客户资源、技术资料等，或利用工作时间、办公设备等公司资源，则可能构成违法行为。
- 在这种情况下，公司不仅有权限制员工注册公司，还有权追究员工的法律责任，包括民事赔偿责任和刑事责任。
特殊职业限制：
- 对于国家公务员、法官、检察官等特殊职业人员，法律明确规定禁止其从事营利性活动。因此，这些职业的员工所在单位限制其注册公司具有合法性。
综合考虑与建议
评估限制合法性：
- 员工在面对公司限制注册公司的情况时，应首先评估该限制的合法性。若限制违反法律法规或劳动合同、规章制度的约定，员工有权拒绝执行。
遵守竞业限制和保密义务：
- 若员工与现公司签订了竞业限制协议或保密协议，应严格遵守相关约定，避免在外注册与现公司有竞争关系的公司或泄露公司商业秘密。
合法合规经营：
- 无论是否在职，注册公司都需遵守相关法律法规，确保合法合规经营。员工在注册公司前，应了解并遵守相关法律法规和公司规定。
寻求法律帮助：
- 若员工对公司限制注册公司的合法性存在疑问或面临法律纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，公司限制员工注册公司是否违法需综合考虑多种因素。员工应仔细评估自身情况，并确保行为符合法律法规和公司规定，以避免不必要的法律纠纷和损失。