老板未经员工同意擅自使用其证件注册公司构成违法，而即使员工同意，若公司用于非法目的，双方均可能面临法律责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、未经员工同意擅自使用
民事侵权
- 老板在未获得员工明确同意的情况下，私自使用其身份证注册公司，这明显侵犯了员工的姓名权。姓名权是公民的基本权利之一，任何组织或个人都不得非法干涉、盗用或冒用。
- 员工有权要求老板立即停止这种侵权行为，并向公司登记机关申请撤销该注册登记。同时，员工还可以索赔因侵权行为导致的直接损失，如误工费、交通费等。
行政违法
- 老板的这种行为也违反了《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关规定。这些规定明确要求，市场主体登记必须提交真实、有效的材料，不得提交虚假材料或采取欺诈手段。
- 如果老板提交了虚假材料或采取了欺诈手段取得市场主体登记，登记机关有权责令其改正，并在情节严重的情况下撤销登记或吊销营业执照。此外，公安机关还可能对冒用者处以二百元以上一千元以下罚款，或十日以下拘留，并没收违法所得。
二、员工同意但用于非法目的
刑事风险
- 即使员工最初同意提供身份证给老板用于注册公司，但如果公司被用于逃税漏税、诈骗、非法集资等违法犯罪活动，员工也可能因明知或应知老板的违法意图而承担刑事责任。
- 即使员工并不知情，也可能因公司的违法行为而面临调查及法律纠纷的麻烦。因此，员工在提供身份证时必须谨慎，确保了解公司的真实用途和经营状况。
民事责任
- 在公司经营过程中产生的债务纠纷等民事问题中，名义上的公司相关责任人（即员工）可能会被债权人追究责任。这是因为，从法律角度来看，员工是公司的名义股东或法定代表人，需要承担相应的法律责任。
- 如果员工参与了公司的相关经营活动或从中获利，即使最初同意提供身份证，也可能因公司的其他违法行为而承担相应的法律责任。
建议与防范措施
员工应谨慎
- 不要轻易将身份证借给他人用于注册公司或任何商业活动。身份证是个人身份的重要证明文件，一旦被滥用，可能会给自己带来严重的法律后果。
- 如发现老板未经同意使用自己的身份证注册公司，应立即向老板提出异议，并向当地工商行政管理部门反映情况，要求撤销注册登记。
维护合法权益
- 发现自己的身份证被冒用时，应立即向公安机关报案，并积极配合调查取证工作。这有助于尽快查明事实真相，保护自己的合法权益。
- 及时采取措施保护自己的姓名权和其他合法权益，如通过法律途径追究侵权者的责任，避免卷入不必要的法律纠纷。
综上所述，老板使用员工身份证注册公司的行为存在严重的法律风险。无论是对于老板还是员工而言，都应严格遵守相关法律法规，确保商业活动的合法性和正当性。如果您有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。