汽车修理厂提供代步车的协议纠纷，一般属于合同纠纷范畴，通常由人民法院处理。不过，具体处理部门或途径可能因纠纷性质、合同条款及双方约定等因素有所不同，以下分情况讨论：
合同纠纷的常规处理途径：
- 协商：双方可以首先尝试通过友好协商的方式解决纠纷，这是最为快捷且成本较低的方式。
- 调解：如果协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助，如消费者协会、行业调解组织等，进行调解以达成和解。
- 诉讼：若调解也未能解决问题，任何一方均有权向人民法院提起诉讼，由法院根据合同条款、相关法律法规及双方提供的证据进行审理并作出判决。
特殊情况下的处理途径：
- 仲裁条款：如果双方在合同中明确约定了仲裁条款，即约定了发生纠纷时提交仲裁机构进行仲裁，那么应当按照约定向仲裁机构申请仲裁，而非直接向人民法院起诉。
- 消费者权益保护：如果汽车修理厂提供的代步车服务涉及消费者权益保护问题，如代步车存在质量问题、修理厂未履行合同义务等，消费者还可以向当地的消费者权益保护机构投诉，寻求帮助。
在处理此类纠纷时，建议您注意以下几点：
- 保留证据：无论是协商、调解还是诉讼，证据都是关键。请务必保留好与纠纷相关的所有证据，如合同、付款凭证、沟通记录、照片或视频等。
- 了解合同条款：仔细审查合同条款，特别是关于代步车提供、使用、赔偿等方面的约定，以明确双方的权利和义务。
- 寻求专业帮助：如果纠纷较为复杂或涉及金额较大，建议您寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，如果您在处理此类纠纷过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。作为专注于刑事辩护和建设工程领域的律师，我也具备处理合同纠纷等民事案件的能力，将竭诚为您提供专业的法律服务。