在交通事故中撞死人且负主要责任的情况下，检察院是否起诉并非由单一因素决定，而是需综合考量多种情形，以下为你详细分析可能不起诉的法律依据及情形：
法定不起诉
- 法律依据：根据《刑事诉讼法》第十六条及《刑法》的相关规定，当行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪时，或犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法规定属于告诉才处理的犯罪且没有告诉或已撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人已死亡、其他法律规定免予追究刑事责任的情况，检察院应作出不起诉决定。
- 具体情形：在撞死人且负主责的案件中，法定不起诉较为少见。但特殊情况下，如被害人有重大过错导致事故发生，且肇事者行为整体上情节显著轻微，不构成犯罪，或存在其他法定不起诉情形时，检察院可能决定不起诉。
酌定不起诉（情节轻微不起诉）
- 法律依据：根据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
- 具体情形：若肇事者虽然造成他人死亡且负主要责任，但犯罪情节相对轻微，且悔罪态度良好，如主动自首、立功、与被害人家属达成和解协议并积极赔偿取得谅解等，检察院可以基于社会危害性较低和改造可能性较大的考虑，决定不起诉。
证据不足不起诉
- 法律依据：根据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于二次补充侦查的案件，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
- 具体情形：若案件关键证据存在瑕疵，无法确切证明肇事者负主要责任，或对被害人死因的鉴定存在疑问，不能排除其他因素导致死亡结果等情况，致使案件证据达不到确实、充分的起诉标准，检察院应当作出不起诉决定。
不起诉决定的后续处理及注意事项：
- 公安机关复议复核：若公安机关认为不起诉决定有误，可要求复议，意见不被接受时可向上一级人民检察院提请复核。
- 被害人申诉：被害人若不服不起诉决定，可在收到决定书后七日内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉，或直接向人民法院提起自诉。
- 被不起诉人申诉：被不起诉人若对决定不服，同样可在收到决定书后七日内向人民检察院申诉。
- 民事赔偿责任：即便检察院决定不起诉，肇事者仍需承担民事赔偿责任，包括医疗费、丧葬费、死亡赔偿金等各项合理费用。
- 驾驶证处理：根据《道路交通安全法》，发生重大交通事故构成犯罪的，公安机关交通管理部门将吊销机动车驾驶证，且在一定期限内（如二年）不得重新申请。
总结与建议：
在撞死人且负主要责任的情况下，检察院是否起诉需综合考量多种因素。作为肇事者，应积极配合调查，真诚悔罪，积极赔偿并取得谅解，同时寻求专业律师的帮助，以争取最佳的法律结果。如果你或你身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。