关于您提出的“盖章双方一方盖了纸质实体章一方盖了电子章是否有效”的问题，这主要取决于双方是否事先有约定以及电子章是否符合相关法律法规的要求。以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据《中华人民共和国电子签名法》第三条的规定，民事活动中的合同或者其他文件、单证等文书，当事人可以约定使用或者不使用电子签名、数据电文。这意味着，如果双方事先有约定，并且同意在合同或文件上使用电子签名或电子章，那么这种使用方式是合法的，且不得仅因为其采用电子形式而否定其法律效力。

其次，关于电子章的法律效力，多个法规和政策文件都明确指出了电子证照（包括电子章）与纸质证照具有同等法律效力。例如，《国务院关于在线政务服务的若干规定》第十条就明确规定了电子证照与纸质证照具有同等法律效力，并实现了跨地区、跨部门的共享和互信互认。此外，《市场监管总局关于印发<电子营业执照管理办法(试行)>的通知》以及《上海市优化营商环境条例》等文件也都有类似的规定，进一步确认了电子章在法律上的有效性。

然而，需要注意的是，电子章的使用必须符合一定的条件。根据相关法律法规，电子章应当是通过合法途径获取的，且在使用过程中需要保证其真实性和完整性。如果电子章被篡改或伪造，那么其法律效力将会受到质疑。

针对您的情况，如果双方事先有约定使用电子章，并且该电子章是通过合法途径获取的，且在使用过程中保持了其真实性和完整性，那么一方盖纸质实体章、另一方盖电子章的合同或文件是具有法律效力的。

最后，我建议您在签订合同或文件时，最好明确双方对盖章方式的约定，并确保所使用的电子章符合相关法律法规的要求。如果遇到任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取更准确的法律意见。