结论：是否可以起诉公司，取决于多个因素，包括款项的性质、公司实际控制人的行为是否构成表见代理或职务行为，以及您能否提供充分证据证明公司应承担责任等。以下从不同角度进行分析：
一、款项性质与合同关系
若款项基于合同关系打入公司账户：
- 如果您与公司之间存在有效的合同关系，且款项是按照合同约定打入公司账户的，那么公司作为合同的一方，有义务按照合同约定使用款项。
- 若公司实际控制人未经公司授权或违反公司规定，擅自使用该款项，这可能构成对公司内部管理规定的违反，但不一定直接导致公司对外承担责任。不过，如果实际控制人的行为构成表见代理（即您有理由相信其有权代表公司行事），或者该行为被认定为职务行为，那么公司可能需要承担相应的法律责任。
若款项非基于合同关系打入公司账户：
- 如果款项并非基于您与公司之间的合同关系打入，而是基于其他原因（如借款、投资等），那么需要分析具体法律关系。
- 在这种情况下，如果公司实际控制人未经您同意擅自使用款项，您可能需要直接追究实际控制人的责任，或者根据具体法律关系追究公司的责任（如公司作为借款人或投资对象未履行相应义务）。
二、实际控制人的行为性质
表见代理：
- 如果公司实际控制人的行为使您有理由相信其有权代表公司使用款项，且您在此过程中无过错，那么可能构成表见代理。
- 在表见代理的情况下，公司可能需要承担实际控制人行为所产生的法律后果，即您有权起诉公司要求返还款项或赔偿损失。
职务行为：
- 如果公司实际控制人的行为被认定为职务行为（即其在使用款项时是在履行公司职务），那么公司应当承担相应的法律责任。
- 在这种情况下，您同样有权起诉公司要求返还款项或赔偿损失。
个人行为：
- 如果公司实际控制人的行为被认定为个人行为（即其在使用款项时并非履行公司职务，也未使您有理由相信其有权代表公司），那么公司可能不承担直接责任。
- 在这种情况下，您可能需要直接追究实际控制人的个人责任。
三、证据收集与诉讼策略
证据收集：
- 无论您选择起诉公司还是实际控制人，都需要收集充分的证据来证明您的主张。
- 证据可能包括合同、转账记录、公司内部文件、实际控制人的行为记录、证人证言等。
诉讼策略：
- 在决定起诉前，您需要评估证据的充分性、法律关系的明确性以及诉讼成本等因素。
- 如果证据充分且法律关系明确，您可以考虑直接起诉公司或实际控制人（或同时起诉两者）。
- 如果证据不够充分或法律关系存在争议，您可能需要先通过协商、调解等方式解决纠纷，或者寻求专业法律帮助以完善证据和明确法律关系。
建议：鉴于法律问题的复杂性和个体差异性，我建议您在采取任何法律行动前，先咨询专业律师（即我本人，周燕君律师，专注于离婚、抚养权、离婚财产纠纷及公司法务领域）。我可以根据您的具体情况提供详细的法律分析和诉讼策略建议，帮助您更好地维护自己的合法权益。