法人不在公司发工资，这一行为本身并不直接决定其合法性，关键在于工资的发放是否符合相关法律法规的规定以及公司的实际运营情况。以下从几个角度进行详细分析：

1. 法人身份与工资发放的关系：

   • 法人作为公司的法律代表，其个人行为与公司行为在法律上通常是分开的。法人不在公司直接发放工资，并不意味着这一行为就违法。关键在于工资是否由公司账户支付，且支付过程符合财务和税务规定。
   • 如果法人通过个人账户发放工资，且未按照公司财务和税务规定进行申报和纳税，那么这种行为可能涉嫌违法，如偷逃税款等。

2. 工资发放的合法性要求：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，公司应当按时足额支付劳动者工资，且工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。这意味着，无论法人是否在公司，公司都有义务确保工资的合法发放。
   • 工资发放应当通过公司账户进行，以确保资金的透明度和可追溯性。如果法人通过个人账户发放工资，且没有合理的解释和证明，可能会引发法律纠纷和税务风险。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，有些公司可能由于各种原因（如法人出差、法人兼任多家公司职务等）而由其他人员代为发放工资。这种情况下，只要工资发放符合公司规定和法律法规要求，就是合法的。
   • 如果法人确实无法亲自发放工资，可以委托公司财务人员或其他可靠人员代为发放，并确保发放过程有明确的记录和凭证。

4. 法律后果与风险防范：

   • 如果法人不在公司发放工资且违反了相关法律法规，公司可能面临劳动监察部门的处罚、税务部门的追缴税款和罚款等法律后果。
   • 为了防范法律风险，公司应当建立完善的工资发放制度，确保工资发放的合法性和透明度。同时，法人也应当关注公司的财务和税务状况，确保公司运营符合法律法规要求。

建议：

• 如果您是公司的法人或管理者，应当确保工资发放符合相关法律法规和公司规定。如果无法亲自发放工资，可以委托可靠人员代为发放，并确保发放过程有明确的记录和凭证。
• 如果您是劳动者，且发现公司存在工资发放不合法的情况（如法人通过个人账户发放工资、未按时足额支付工资等），可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

如有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。