农民工工资专用账户一般是由施工总承包单位开立。以下从不同角度进行分析：

1. 法规依据角度： 根据《保障农民工工资支付条例》第二十六条规定，施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。这一规定明确了开设主体的责任在于施工总承包单位，旨在通过专用账户制度，确保农民工工资能够得到专款专用，避免工资被挪用、拖欠等情况的发生，保障农民工的合法权益。

2. 实际操作角度： 施工总承包单位作为工程建设的核心主体，对工程项目的整体资金流动和施工管理具有主导作用。由其开立农民工工资专用账户，便于对农民工工资的支付进行统一管理和监督。施工总承包单位可以根据工程进度、农民工出勤情况等，及时、准确地将工资发放到农民工的个人工资账户中。同时，也有利于建设单位（业主方）按照合同约定，将人工费用足额拨付至专用账户，确保工资支付的资金来源。

3. 责任承担角度： 如果农民工工资出现拖欠等问题，施工总承包单位通常要承担首要责任。由其开立专用账户，能够更好地落实其保障农民工工资支付的责任。一旦发生工资拖欠，相关部门可以更容易地追溯资金流向，查明责任主体，采取相应的措施保障农民工的权益。例如，在工程建设领域，若因建设单位未按合同约定及时划拨工程款导致农民工工资拖欠的，建设单位应以未结清工程款为限先行垫付被拖欠的农民工工资，但施工总承包单位仍需对工资支付情况进行监督和管理。

特殊情况说明： 在某些情况下，如果建设单位（业主方）直接与农民工签订劳动合同并支付工资，那么可能由建设单位开立相关账户用于工资支付。但这种情况在工程建设领域相对较少，一般是在一些特定的项目或模式下才会出现。例如，一些小型的、简单的工程项目，建设单位可能会自行组织施工并直接雇佣农民工。不过，即使在这种情况下，也需要遵循相关的法律法规和监管要求，确保工资支付的合法性和规范性。