关于“未验先投”是否适用于两年追溯期的问题，这实际上涉及到法律规范的适用以及违法行为的时间界定。首先，我们需要明确“未验先投”的定义，它指的是需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者验收不合格，建设项目即投入生产或者使用的行为。
接下来，我们分析法律规范的适用。根据相关法规，特别是《关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》以及《建设项目环境保护管理条例》的新旧版本，我们可以得出以下结论：
新旧法律规范的衔接：当行政相对人的行为（如“未验先投”）发生在新法施行之前，但具体行政行为（如行政处罚）作出在新法施行之后时，通常实体问题适用旧法规定，程序问题适用新法规定。但这一原则有例外，包括法律、法规或规章另有规定，适用新法对保护行政相对人的合法权益更为有利，或按照具体行政行为的性质应当适用新法的实体规定。
“未验先投”的连续性：如果“未验先投”的违法行为发生在旧条例施行期间，并一直连续或继续到新条例施行之后，那么这种行为不属于“行政相对人的行为发生在新法施行以前”的情形。因此，不存在新旧条例的选择适用问题，应当直接适用新条例进行行政处罚。
关于追溯期：在行政处罚中，通常并不直接提及“两年追溯期”这一概念，而是根据违法行为的性质、情节以及法律规定的处罚时效来确定是否给予处罚。对于“未验先投”这类持续性的违法行为，只要其违法行为状态持续存在，且在新法施行后仍未改正，就可以依据新法进行处罚，而不受所谓“两年追溯期”的限制。
结合具体案例，如天津市查处的水土保持设施未经验收投入使用案，该案中的违法行为发生在相关法律施行期间，并持续到法律修订后，最终依据新法进行了处罚。这进一步印证了上述分析，即对于持续性的“未验先投”违法行为，应适用新法进行处罚，而不受追溯期的限制。
综上所述，“未验先投”的违法行为如果持续到新法施行之后，将直接适用新法进行处罚，而不受两年追溯期的限制。希望这一解答能够清晰、详细地解答您的疑问。