核心结论：代理公司能否追回已退还的保证金，需结合围标认定的时间节点、保证金性质及合同条款综合判断。若围标行为在保证金退还后被查实，代理公司可通过法律途径主张追回，但需满足特定条件。以下分情况说明：

1. 围标行为发生在保证金退还前，但退还时未被查实

• 法律逻辑：保证金的核心功能是担保投标活动的合法性。若投标人在投标阶段存在围标行为（如串通报价、操纵中标结果），即使保证金已退还，代理公司仍可基于《招标投标法》第五十三条及《民法典》第一百五十四条（恶意串通损害他人权益的民事法律行为无效）主张追回。
• 操作路径：
  • 证据固定：收集围标行为的直接证据（如投标文件异常一致、报价呈规律性差异、投标人之间存在关联关系等），以及保证金退还的凭证（如银行转账记录、退还协议等）。
  • 法律程序：向法院提起民事诉讼，主张围标行为导致招标合同无效，要求投标人返还保证金及赔偿损失；或依据招标文件中的违约条款，要求投标人承担违约责任。

2. 围标行为发生在保证金退还后，且退还时无过错

• 法律逻辑：若代理公司在退还保证金时已尽到合理审查义务（如核对投标文件、查询投标人信用记录等），且无证据表明代理公司明知或应知围标行为，则退还行为合法有效。但围标行为本身因违反《招标投标法》第五十三条，可能被行政处罚（如罚款、没收违法所得），但不影响保证金退还的效力。
• 操作路径：
  • 行政举报：向行政监督部门（如发改委、住建部门）举报围标行为，由行政部门对投标人进行处罚，但此路径不直接涉及保证金追回。
  • 民事索赔：若围标行为导致招标项目损失（如重新招标成本、工期延误赔偿等），代理公司可要求围标投标人承担赔偿责任，但需证明损失与围标行为的因果关系。

3. 代理公司退还保证金时存在过错（如未尽审查义务）

• 法律逻辑：若代理公司在退还保证金时未履行基本审查义务（如未核对投标文件真实性、未查询投标人关联关系），导致围标行为未被及时发现，可能被认定为共同过错方，需承担相应责任。
• 操作路径：
  • 内部追责：代理公司可依据内部管理制度，对相关责任人进行追责（如扣减绩效、解除劳动合同等）。
  • 协商或诉讼：若投标人拒绝返还保证金，代理公司可尝试协商解决；协商不成时，需评估自身过错程度，谨慎选择是否提起诉讼（可能面临反诉或赔偿请求）。

关键建议

1. 立即固定证据：包括围标行为的证据、保证金退还的凭证、招标文件及投标文件等，避免证据灭失。
2. 咨询专业律师：围标行为的认定及法律责任涉及复杂的事实认定和法律适用，建议委托律师分析证据链完整性及诉讼风险。
3. 评估追回成本：若保证金金额较小或追回成本（如诉讼费、律师费）过高，需权衡经济性后决策。

注：具体操作需结合招标文件条款、当地司法实践及行政监管政策综合判断，建议提供详细材料后进一步分析。