代理公司投标中标后，投标保证金是否退还，主要取决于招标文件的规定以及是否存在法定或约定的不退还情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的退还规定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条，招标人最迟应当在书面合同签订后5日内向中标人和未中标的投标人退还投标保证金及银行同期存款利息。这是关于投标保证金退还的基本时间规定。
退还条件：
- 在一般情况下，只要投标人没有违反招标文件的规定，且中标后按照要求签订了书面合同，招标人就应当退还投标保证金。
二、不退还投标保证金的情形
投标人过错：
- 如果投标人在投标过程中存在过错，如提供虚假材料、串通投标等，且符合招标文件不退保证金的条件，招标人可以不退投标保证金。
招标文件特别规定：
- 招标文件可能包含特定条款，规定在某些情况下不退还投标保证金。例如，如果中标人放弃中标项目、未在规定时间内签订合同或未按照招标文件要求提交履约保证金等，招标人可能有权不退还投标保证金。
三、处理方式与建议
核对招标文件：
- 首先，代理公司应仔细核对招标文件，了解其中关于投标保证金退还的具体规定。
与招标人沟通：
- 如果招标人未按照规定退还投标保证金，代理公司可以与招标人进行沟通，了解原因并要求退还。
投诉与法律途径：
- 如果沟通无果，且代理公司认为招标人的行为违反了相关法律法规或招标文件的规定，可以向当地的行政主管部门（如建委或发改委）进行投诉。
- 在必要时，代理公司还可以考虑通过法律途径来解决问题，如向人民法院提起诉讼，要求招标人退还投标保证金及相应的利息。
四、注意事项
- 保留证据：代理公司在整个投标过程中应保留好相关证据，如投标文件、招标文件、中标通知书、合同等，以便在需要时证明自己的权益。
- 及时行动：如果发现招标人未按照规定退还投标保证金，代理公司应及时采取行动，避免超过诉讼时效或其他法律限制。
总结来说，代理公司投标中标后，投标保证金是否退还取决于招标文件的规定以及是否存在法定或约定的不退还情形。如果招标人未按照规定退还投标保证金，代理公司可以通过沟通、投诉或法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。