公司考勤制度中仅有罚款规定是不完全合法的，需结合具体情况分析。具体来说：

1. 罚款的合法性基础
   根据《劳动合同法》及相关司法解释，用人单位制定规章制度需满足内容合法、程序民主、公示告知三个条件。若考勤制度仅规定罚款而未明确法律依据（如《工资支付暂行规定》中允许的“扣减工资”情形），或未通过职工代表大会讨论、未向劳动者公示，则属于违法条款。

2. 罚款的合理性限制
   即使制度经过民主程序，罚款金额也需合理。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若考勤罚款超出这一比例（如迟到一次扣500元），则可能被认定为克扣工资。

3. 替代性管理措施的合法性
   若公司仅通过罚款管理考勤，而未采取其他合法手段（如警告、绩效扣分、调岗等），可能面临以下风险：

   • 行政处罚：劳动行政部门可责令改正，逾期不改的处以罚款（《劳动保障监察条例》第三十条）；
     
   • 经济补偿风险：劳动者以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除合同，可主张经济补偿（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）；
     
   • 诉讼败诉风险：在劳动争议中，法院可能认定罚款无效，要求公司补发工资（《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十五条）。

建议：
公司应修订考勤制度，明确罚款的法律依据、金额上限及程序（如需劳动者签字确认），或改用绩效扣分、调岗等合法管理方式。若已发生纠纷，可携带制度文本、罚款记录等材料进一步分析。