程序违法的行政单位确实可能需要承担赔偿责任，且这种赔偿是合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，行政机关及其工作人员在行使行政职权时，如果有侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。其中，行政机关违法行使职权，包括程序违法，是赔偿的重要情形之一。
二、程序违法的具体情形与赔偿
程序违法导致实体权利受损：
- 如果行政单位在执法过程中违反法定程序，如未告知当事人权利、未听取当事人陈述申辩等，且这些程序违法直接导致了当事人的实体权利受到损害（如财产被错误查封、扣押等），那么行政单位应当承担赔偿责任。
程序违法但未影响实体权利：
- 即便程序违法并未直接影响当事人的实体权利，但如果该程序违法严重到足以影响行政行为的合法性（如违反法定程序作出的行政处罚决定被撤销），且因此给当事人造成了额外损失（如因应对违法行政行为而产生的律师费、差旅费等），行政单位也可能需要承担一定的赔偿责任。不过，这种情况下赔偿的范围和标准可能会相对有限。
三、赔偿的合法性与合理性
合法性：
- 行政单位因程序违法而承担赔偿责任，是依法进行的。国家赔偿法明确规定了行政机关违法行使职权时的赔偿责任，这是保障公民、法人和其他组织合法权益的重要法律制度。
合理性：
- 要求行政单位对程序违法承担赔偿责任，也是合理的。行政机关作为公权力机关，应当严格遵守法定程序，确保行政行为的合法性和公正性。如果行政机关违反程序，就应当承担相应的法律责任，包括赔偿责任。这有助于促使行政机关更加谨慎地行使职权，减少程序违法的发生。
四、实际案例与启示
- 在实际案例中，不乏因行政单位程序违法而被判决承担赔偿责任的例子。这些案例表明，法律对于行政机关的程序要求是非常严格的，任何违反法定程序的行为都可能引发法律责任。
- 对于公民、法人和其他组织来说，当遇到行政单位程序违法时，应当及时保留证据，通过法律途径维护自己的合法权益。同时，也可以向行政机关的上级部门或监察机关投诉举报，促使行政机关纠正违法行为。
总结与建议：
程序违法的行政单位确实可能需要承担赔偿责任，且这种赔偿是合法的。如果你遇到了行政单位程序违法的情况，并因此遭受了损失，建议及时咨询专业律师（即我，苏明煜律师，专注于刑事辩护、行政纠纷、走私犯罪领域），了解具体的维权途径和赔偿标准。同时，也要注意保留好相关证据，以便在维权过程中提供有力支持。