结论：针对您签合同约定一开始是租赁船只，后期改成合作但租金船东不退的问题，这主要涉及到合同变更和租金退还的法律问题。以下是从不同角度为您进行的分析和建议。
一、合同变更的法律分析
合同变更的效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方协商一致，可以变更合同。在您的情况下，如果双方确实就合同内容从租赁变更为合作达成了合意，并且这一变更不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该变更就是有效的。
变更后的权利义务：
- 合同变更后，双方应按照变更后的合同内容履行各自的义务。如果变更后的合同没有明确约定原租赁合同中的租金如何处理，那么这可能成为双方争议的焦点。
二、租金退还的法律分析
租金退还的依据：
- 如果合同变更时，双方明确约定了原租赁合同中的租金应如何处理（如部分退还、全部退还或不予退还），则应按照该约定执行。
- 如果合同变更时没有明确约定，那么根据公平原则和诚实信用原则，船东可能无权单方面扣留全部租金。您有权要求船东退还部分或全部租金，具体数额可能需要根据双方的实际履行情况、合同变更的原因、双方的过错程度等因素进行综合判断。
可能的法律后果：
- 如果船东拒绝退还租金，您可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据双方提供的证据和法律规定，对租金退还问题作出裁决。
三、建议与行动步骤
收集证据：
- 收集与合同变更相关的所有证据，包括变更协议、聊天记录、邮件往来等，以证明双方确实就合同变更达成了合意。
- 收集与租金支付相关的证据，如支付凭证、发票等，以证明您已经支付了租金。
与船东协商：
- 尝试与船东进行友好协商，就租金退还问题达成一致意见。在协商过程中，可以明确提出您的诉求和理由，并听取船东的意见和解释。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（即我，桑文君律师，专注于经济纠纷、合同纠纷领域）。我可以根据您的具体情况和证据，为您提供更具体的法律建议和解决方案。
考虑诉讼或仲裁：
- 如果必要，您可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。在诉讼或仲裁过程中，请确保提供充分的证据来支持您的诉求。
四、注意事项
- 在处理此类纠纷时，请务必保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击对方。
- 遵循法律程序和规定，不要试图通过非法手段解决问题。
- 及时咨询专业律师（即我），以确保您的权益得到充分保护。
如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。