在劳动仲裁申请后，企业可以基于以下理由提出管辖权异议：
仲裁机构选择错误：
- 企业可能认为申请人选择的劳动仲裁机构并非法定的或双方约定的管辖机构。根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。如果企业认为申请人选择的仲裁机构不符合这一规定，即可提出管辖权异议。
合同中有特别约定：
- 如果劳动合同或相关协议中明确约定了劳动争议的管辖机构，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么企业可以依据合同中的特别约定提出管辖权异议。例如，合同中可能约定了特定的仲裁委员会或法院作为争议解决机构。
地域管辖问题：
- 企业可能认为根据地域管辖原则，该劳动争议应由其他地区的劳动争议仲裁委员会管辖。这通常涉及到劳动合同履行地或用人单位所在地的具体判断，如果企业认为申请人选择的仲裁机构所在地与实际的地域管辖原则不符，即可提出异议。
级别管辖问题：
- 在某些情况下，劳动争议仲裁委员会之间可能存在级别管辖的划分。如果企业认为根据案件的性质、标的额等因素，该劳动争议应由更高级别的仲裁委员会管辖，或者相反，认为应由更低级别的仲裁委员会管辖，也可以提出管辖权异议。不过，这种情况在劳动争议仲裁中相对较少见，因为劳动争议仲裁委员会的级别管辖划分通常较为明确。
法律建议：
- 及时提出异议：如果企业认为劳动仲裁机构没有管辖权，应当在答辩期满前书面提出管辖权异议。逾期提出的，可能会被视为放弃异议权利。
- 提供充分证据：在提出管辖权异议时，企业应当提供充分的证据来支持其主张，如劳动合同、相关协议、地域管辖或级别管辖的法律依据等。
- 关注仲裁程序：提出管辖权异议后，企业应当密切关注仲裁程序的进展，确保异议得到及时、公正的处理。如果异议被驳回，企业应当根据仲裁机构的裁决结果，决定是否继续参与仲裁程序或采取其他法律措施。
可能的法律后果：
- 如果企业的管辖权异议被仲裁机构采纳，那么劳动争议案件将被移送至有管辖权的仲裁机构进行审理。
- 如果企业的管辖权异议被驳回，那么劳动争议案件将继续在原仲裁机构进行审理，企业需要按照仲裁机构的裁决结果履行相应的义务。
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