结论：银行克扣补偿款是否合法，需根据具体情况判断，包括补偿款的性质、银行克扣的依据以及双方之间的合同约定等。以下从不同角度进行分析：
一、补偿款性质与银行权利
若补偿款与债务直接相关：
- 如果补偿款是因债务人违约、损害赔偿等原因产生的，且银行作为债权人有权直接受偿，那么银行在符合法律规定和合同约定的前提下，有权从补偿款中扣除相应金额以抵偿债务。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于债权债务的相关规定，债权人有权要求债务人履行债务，并在债务人不履行时采取合法措施保障自身权益。
若补偿款与债务无直接关联：
- 如果补偿款是债务人因其他原因（如政府补贴、保险理赔等）获得的，且与银行债务无直接联系，那么银行无权擅自克扣。
- 法律后果：银行若擅自克扣，可能构成侵权，债务人有权要求银行返还被克扣的款项，并可能追究银行的法律责任。
二、银行克扣的依据
合同约定：
- 如果债务人与银行之间的合同中明确约定了银行在特定情况下有权从补偿款中扣除款项，那么银行的行为可能具有合同依据。
- 审查要点：需仔细审查合同条款，确认是否存在相关约定，以及该约定是否合法有效。
法律规定：
- 即使合同中没有明确约定，如果银行的行为符合相关法律法规的规定（如税收征收、法院执行等），那么银行的行为也可能被视为合法。
- 法律依据：需参考《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规。
三、债务人的权益保障
查询与核实：
- 债务人有权查询银行克扣补偿款的具体原因和依据，并核实其合法性。
- 建议行动：债务人可以要求银行提供详细的扣款说明和相关证据，以便进行核实。
异议与申诉：
- 如果债务人认为银行的克扣行为不合法或不合理，有权向银行提出异议，并要求银行纠正。
- 申诉途径：债务人还可以向相关监管部门（如银保监会）投诉，或通过法律途径（如起诉）维护自身权益。
四、特殊情况考虑
- 法院执行：如果银行扣款是基于法院的执行裁定或判决，那么债务人需遵守法院的决定，但仍有权对执行行为提出异议或申请复议。
- 第三方代扣：如果补偿款是通过第三方机构发放的，且银行与第三方机构有代扣协议，那么债务人需了解代扣协议的具体内容，并确认其合法性。
总结与建议：银行克扣补偿款是否合法，需根据具体情况进行判断。债务人在面对此类情况时，应首先查询和核实银行扣款的原因和依据，然后根据合同约定和法律规定来评估银行的扣款行为是否合法。如果认为银行的扣款行为不合法或不合理，债务人有权向银行提出异议，并寻求法律途径维护自身权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。