若案件已经处理完毕，才发现审查人员与当事人存在利害关系，可分以下情况处理：

1. 审查程序存在瑕疵，但未影响实体处理结果
   如果审查人员的利害关系未实质影响案件的公正性（例如：审查人员仅存在轻微关联，且案件事实清楚、证据充分），此时可向原审查机构或其上级部门提出书面异议，要求补充说明审查程序的合法性。根据《行政诉讼法》或《民事诉讼法》中关于“程序轻微违法但不影响实体结果”的规定，若审查机构能证明利害关系未导致不公，案件结果通常不会被推翻，但可要求更换审查人员并重新出具书面意见作为程序补正。

2. 审查程序违法且影响实体处理结果
   若利害关系直接导致审查结果不公（例如：审查人员故意偏袒当事人、隐瞒关键证据等），可依据《行政复议法》或《民事诉讼法》中关于“违反法定程序”的规定，向上一级机关申请复议或向法院提起诉讼，主张撤销原处理结果并要求重新审查。此时需重点收集两类证据：一是审查人员与当事人的利害关系证明（如亲属关系、经济往来记录等）；二是审查过程中存在程序违法或实体错误的证据（如审查记录、证人证言等）。

3. 已过复议或诉讼时效的补救措施
   若案件处理完毕已超过法定复议或诉讼期限（如行政复议一般需在知道违法之日起60日内提出），仍可尝试通过以下途径补救：

   • 向监察部门投诉：若审查人员属于公务员或公职人员，可向其所在单位的纪检监察部门举报，要求对程序违法问题进行内部调查并处分相关人员；
     
   • 申请再审或抗诉：在民事案件中，若符合《民事诉讼法》第207条规定的“审判人员有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为”，可向法院申请再审；在刑事案件中，可向检察院申请抗诉；
     
   • 信访渠道：通过书面信访向原审查机构的上级部门反映问题，虽不直接改变案件结果，但可能推动程序补正或责任追究。

建议行动步骤：

1. 立即整理审查人员与当事人的利害关系证据（如户籍证明、交易记录等）；
   
2. 调取原审查案件的全部材料，重点标注程序违法或实体错误的环节；
   
3. 根据案件类型（行政/民事/刑事）选择对应的救济途径，优先通过书面形式提出异议或申请；
   
4. 若对程序或证据收集有疑问，可随时向我咨询具体操作细节。
   

利害关系审查是程序公正的核心要求，即使案件已处理完毕，仍可通过合法途径维护权益，关键在于证据的充分性和救济途径的选择。