结论：针对您提出的“当时修建仓库无人管，建完三四年后说是违建”的问题，这主要涉及到违法建筑的认定及处理程序。我将从违法建筑的认定、处理程序、可能的法律后果以及您的应对策略等角度进行详细分析。

1. 违法建筑的认定：

• 定义：违法建筑通常指的是未经规划、建设等部门批准，擅自搭建的建筑物或构筑物。这包括未取得建设工程规划许可证或未按照许可证规定的内容进行建设的建筑。
• 认定机构：一般来说，违法建筑的认定由当地的城乡规划主管部门或城市管理综合行政执法部门负责。这些部门会根据相关法律法规和规划要求，对建筑物的合法性进行审查。
• 时间因素：违法建筑的认定并不受时间限制。即使建筑物已经存在多年，如果后来被发现或举报，且确实存在违法情形，仍然可能被认定为违法建筑。

2. 处理程序：

• 调查取证：相关部门在接到举报或发现违法建筑后，会进行调查取证，包括现场勘查、询问当事人等。
• 认定决定：根据调查结果，相关部门会作出是否认定为违法建筑的决定，并书面通知当事人。
• 处理措施：对于认定为违法建筑的，相关部门可能会采取责令限期拆除、罚款、没收违法所得等处理措施。如果当事人不履行处理决定，相关部门还可能申请法院强制执行。

3. 可能的法律后果：

• 拆除风险：如果仓库被认定为违法建筑，且无法通过补办手续等方式合法化，那么您可能面临被责令限期拆除的风险。
• 经济损失：拆除违法建筑不仅可能导致您投入的建设成本无法收回，还可能因拆除过程中的损坏而承担额外的经济损失。
• 法律责任：如果违法建筑的建设行为涉嫌违反其他法律法规（如环保、消防等），您还可能面临相应的法律责任。

4. 您的应对策略：

• 核实情况：首先，您需要核实仓库是否确实被认定为违法建筑，以及认定依据和程序是否合法。您可以向相关部门要求查看认定文件和相关证据。
• 咨询专业意见：如果仓库确实存在违法情形，建议您咨询专业律师或规划师，了解补办手续、申请复议或诉讼等可能的解决途径。
• 积极应对：根据专业意见，您可以积极与相关部门沟通，争取通过补办手续、缴纳罚款等方式使仓库合法化。如果无法合法化，您也需要做好拆除准备，并尽量减少经济损失。
• 保留证据：在整个过程中，您需要保留好所有相关证据，包括建设时的审批文件、合同、支付凭证等，以备不时之需。

额外建议：

• 在未来的建设活动中，务必确保遵守相关法律法规和规划要求，提前办理好所有必要的审批手续，以避免类似问题的再次发生。
• 如果您对违法建筑的认定或处理决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。