店员侵占营业款，若利用职务便利且数额达到六万元以上，一般按职务侵占罪立案追诉；若以秘密窃取方式且数额达到当地规定的盗窃罪起刑点（通常为一千元至三千元以上），则按盗窃罪立案追诉。以下是对这一问题的详细分析：
一、职务侵占罪的立案标准
法律规定：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。
立案标准：
- 数额较大：根据司法解释，职务侵占数额在六万元以上的为数额较大，应立案追诉。不过，部分经济发达地区可能提高至十万元以上，具体需结合当地司法实践判断。
- 数额巨大与特别巨大：数额巨大处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。但具体的数额标准，需根据最新的司法解释或地方规定来确定。
行为方式：职务侵占罪要求行为人利用职务上的便利，即利用其管理、经手本单位财物的便利条件。
二、盗窃罪的立案标准
法律规定：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物，数额较大的，或多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，构成盗窃罪。
立案标准：
- 数额较大：盗窃公私财物价值一千元至三千元以上为数额较大，具体数额由各省、自治区、直辖市根据经济发展状况确定。例如，在某些地区，盗窃数额达到一千五百元即可立案追诉。
- 数额巨大与特别巨大：同样，数额巨大或有其他严重情节处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或有其他特别严重情节处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。具体数额标准也需根据最新的司法解释或地方规定来确定。
行为方式：盗窃罪不要求行为人利用职务上的便利，而是以秘密窃取的方式获取公私财物。
三、实际案例中的应用
在实际操作中，判断店员侵占营业款的行为性质，需综合考虑其行为方式、侵占数额及是否利用职务便利等因素。例如：
- 若店员利用其管理、经手营业款的职务便利，将营业款非法占为己有，且数额达到六万元以上（或当地规定的更高标准），则应按照职务侵占罪立案追诉。
- 若店员以秘密窃取的方式盗取营业款，且数额达到当地规定的盗窃罪起刑点，则应按照盗窃罪立案追诉。
四、应对措施与建议
- 保留证据：一旦发现店员侵占营业款，应立即保留相关证据，如财务账目、监控录像等，以便后续调查取证。
- 及时报案：向公安机关报案，详细说明情况并提交相关证据材料，配合公安机关的调查工作。
- 加强内部管理：商家应加强内部财务管理和监督机制，完善财务制度，确保营业款的安全管理，防止类似事件的再次发生。
- 法律教育：定期对员工进行法律知识培训和教育，提高员工的法律意识，明确告知侵占财物的严重后果和法律责任。
综上所述，店员侵占营业款的行为可能构成职务侵占罪或盗窃罪，具体取决于其行为方式和侵占数额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。