在建设工程纠纷中，被告反诉质量问题并提出质量鉴定时，鉴定费的承担问题通常需结合案件具体情况、合同约定及法律规定综合判断，一般有以下几种处理原则：

1. 合同有明确约定时，依约定处理
   若双方在合同中明确约定了质量鉴定费用的承担方式（如“因质量问题产生的鉴定费由责任方承担”），则应优先适用合同约定。例如，若合同约定“若发包方对工程质量提出异议并申请鉴定，经鉴定质量合格的，鉴定费由发包方承担；质量不合格的，由承包方承担”，则直接按约定执行。

2. 合同无约定时，依过错原则分担
   若合同未约定鉴定费承担方式，则需根据《民法典》第577条（违约责任）及第1165条（过错责任原则）判断：

   • 若质量问题由承包方导致（如施工不符合设计要求、使用劣质材料等），则鉴定费通常由承包方承担，因其违约行为直接引发了争议和鉴定需求。
     
   • 若质量问题非承包方原因导致（如发包方擅自变更设计、未及时验收等），则鉴定费可能由发包方承担，或由双方按过错比例分担。
     
   • 若质量合格，但发包方无合理理由申请鉴定（如恶意拖延诉讼），则鉴定费可能由发包方全额承担。

3. 法院依职权裁量的情况
   在部分案件中，法院可能根据“公平原则”或“诉讼成本分担原则”调整鉴定费承担。例如：

   • 若鉴定结论对双方均有部分支持（如部分工程合格、部分不合格），法院可能酌情要求双方分担鉴定费；
     
   • 若鉴定费明显过高（如超出必要限度），法院可能要求申请方承担部分费用，以避免浪费司法资源。

实务建议：

• 对承包方：若被反诉质量问题，应重点审查合同条款，并收集施工过程证据（如材料合格证、验收记录等），以证明自身无过错，避免承担鉴定费；
  
• 对发包方：提出反诉前需评估质量问题的合理性，避免因恶意申请鉴定被判承担费用；
  
• 双方均可：在合同中提前约定鉴定费承担规则，减少争议。

若您涉及具体案件，建议直接向我咨询，提供合同文本、鉴定报告等材料，以便进一步分析责任归属及费用分担方案。