法院是否承认企业自行调查的证据有效，需根据证据的合法性、真实性、关联性以及取证程序是否合规进行综合判断，并非一概而论。以下从不同角度展开分析：

1. 证据的“三性”要求

根据《民事诉讼法》及相关司法解释，证据需满足合法性、真实性、关联性：

• 合法性：取证手段不得违反法律强制性规定或侵犯他人合法权益（如非法侵入住宅、窃听等）。例如，企业通过威胁、贿赂等方式获取的证据，法院将直接排除。
• 真实性：证据内容需客观存在，非伪造或篡改。例如，企业提供的合同复印件若与原件不符，可能因真实性存疑被否定。
• 关联性：证据需与案件事实直接相关。例如，企业调查员工违纪行为时，收集的与违纪无关的个人隐私信息（如婚姻状况）可能因缺乏关联性被排除。

案例参考：若企业通过合法监控获取员工挪用资金证据，且监控记录未被篡改，法院通常认可其效力；但若监控未公示或侵犯员工隐私，可能因合法性瑕疵被否定。

2. 取证程序的合规性

企业自行取证时，需遵循法定程序或行业规范：

• 书面证据：合同、邮件、聊天记录等需保留原始载体（如手机、电脑），仅提供打印件可能因无法核对真实性被质疑。
• 证人证言：企业员工或第三方证人需出庭接受质证，否则证言可能因未交叉询问被排除。
• 电子数据：根据《电子签名法》，企业需通过公证、时间戳等方式固定电子证据（如微信聊天记录），否则可能因易篡改被否定。

实务建议：企业可委托律师参与取证，或通过公证、律师见证等方式增强证据效力。例如，对关键合同签署过程进行公证，可大幅降低证据被否定的风险。

3. 特殊证据类型的审查

• 企业内部审计报告：若审计程序合规（如由独立第三方机构出具），法院可能采纳；但若由企业内部人员自行编制且未附原始凭证，可能因真实性存疑被排除。
• 员工违纪视频：需符合《个人信息保护法》要求（如告知员工监控范围、目的），否则可能因侵犯隐私权被否定。
• 第三方调查报告：若调查机构具备合法资质（如侦探公司无资质），或报告内容超出其业务范围（如非法获取银行流水），法院将不予认可。

4. 法院的自由裁量权

即使证据满足“三性”要求，法院仍可能根据案件具体情况行使自由裁量权：

• 证据证明力大小：例如，企业提供的证人证言与书面证据矛盾时，法院可能优先采信书面证据。
• 利益平衡原则：若证据涉及员工重大权益（如解雇纠纷），法院可能对企业取证程序提出更高要求，以避免弱势方利益受损。

总结建议：

1. 企业自行取证时，务必确保手段合法、程序合规，并保留原始载体；
2. 对关键证据，建议通过公证、律师见证等方式固定；
3. 若证据可能涉及争议，提前咨询律师评估风险，避免因取证瑕疵导致败诉。

如有具体案件或证据类型需进一步分析，可直接向我咨询。