针对填埋场占用农用地的情况，处理方式需结合法律程序、土地性质及实际损害等多方面因素综合考量，具体如下：

1. 确认土地性质与审批手续
   首先需明确被占用的农用地性质（如基本农田、一般耕地等）。根据《土地管理法》第四十四条，占用农用地需依法办理农用地转用审批手续，涉及基本农田的还需国务院批准。若填埋场未取得合法审批手续，则属于非法占用农用地，可能面临行政处罚甚至刑事责任。

2. 行政处理程序

   • 责令改正与恢复：自然资源主管部门可依据《土地管理法》第七十七条，责令填埋场限期拆除地上建筑物、恢复土地原状，并处罚款（按占用面积处耕地开垦费5-10倍罚款）。
     
   • 刑事追责：若占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

3. 民事赔偿与生态修复

   • 土地权利人救济：若填埋场占用集体或个人承包的农用地，权利人可依据《民法典》第二百三十八条要求停止侵害、赔偿损失（包括土地收益损失、恢复费用等）。
     
   • 生态修复责任：根据《环境保护法》第六十四条，填埋场需承担环境修复责任，若造成土壤污染，还需依据《土壤污染防治法》承担治理费用。

4. 合规化路径
   若填埋场符合规划且需继续使用，可依法补办手续：

   • 编制《土地复垦方案》并报自然资源部门备案；
     
   • 缴纳土地复垦费或保证金；
     
   • 完成农用地转用审批后，依法办理建设用地使用权出让或划拨手续。

建议行动步骤：

1. 立即委托专业机构对土地性质、占用面积及损害程度进行鉴定；
   
2. 向当地自然资源部门举报非法占用行为，要求立案查处；
   
3. 同步启动民事诉讼准备，固定损失证据（如土地收益证明、修复费用评估等）；
   
4. 若涉及刑事犯罪，可向公安机关报案并推动环境公益诉讼。
   

如需进一步分析具体案情或制定应对方案，可直接向我提供更多细节（如占用时间、土地性质、是否签订协议等），我将结合地方性法规提供针对性建议。