结论：公司能否在起诉对方公司追讨尾款的同时，主张对方公司业务员业务费，需视具体情况而定，主要取决于业务员业务费与尾款纠纷的关联性以及相关法律规定和合同约定。以下从不同角度进行分析：
一、业务员业务费与尾款纠纷的关联性
若业务员业务费与尾款无直接关联：
- 如果业务员业务费是业务员个人因提供劳务或服务而获得的报酬，与尾款纠纷无直接联系，那么公司起诉对方公司追讨尾款时，通常不能直接主张业务员业务费。
- 在这种情况下，业务员业务费应由业务员个人与对方公司或相关责任人根据劳务合同或服务协议进行结算，与公司追讨尾款是两个独立的法律关系。
若业务员业务费与尾款有直接关联：
- 如果业务员业务费实际上是对尾款的一部分或全部的预支、抵扣或包含在内，那么公司起诉对方公司追讨尾款时，可能需要考虑业务员业务费的处理方式。
- 例如，如果合同中明确约定了业务员业务费作为尾款的一部分，或者业务员业务费是以尾款为支付条件的，那么公司在追讨尾款时，可能需要将业务员业务费纳入考虑范围，根据合同约定进行结算。
二、相关法律规定和合同约定
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当按照约定履行自己的义务。如果对方公司未按照合同约定支付尾款，公司有权起诉要求支付。
- 对于业务员业务费，如果其性质属于劳务报酬或服务费用，且符合相关法律法规的规定，那么业务员有权要求支付。但公司作为第三方，除非有法律特别规定或合同约定，否则通常不能直接主张。
合同约定：
- 合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。如果合同中明确约定了尾款和业务员业务费的支付方式、时间、条件等，那么双方应当按照合同约定履行。
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，双方可以协商补充约定或根据交易习惯、行业惯例等确定。如果仍无法达成一致，可能需要通过法律途径解决争议。
三、法律建议
审查合同：
- 公司应首先审查与对方公司签订的合同，明确尾款和业务员业务费的支付条款和约定。
- 如果合同中有明确约定，且对方公司未按照约定履行，公司可以依据合同起诉要求支付尾款，并考虑业务员业务费的处理方式。
收集证据：
- 公司应收集与尾款和业务员业务费相关的证据，如合同、发票、付款记录、通讯记录等，以证明自己的主张。
- 如果业务员业务费与尾款有直接关联，公司还应收集能够证明这种关联性的证据，如合同中的相关条款、双方之间的协商记录等。
咨询专业律师：
- 由于法律问题具有复杂性和专业性，公司在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见。
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考虑诉讼策略：
- 在起诉前，公司应考虑诉讼策略，包括是否将业务员业务费纳入诉讼请求范围、如何证明业务员业务费与尾款的关联性等。
- 公司还应评估诉讼风险和成本，选择最适合自己的诉讼方式。