结论：营业执照上写儿子的名字，并不直接等同于店就是儿子的，这还需要结合店铺的实际经营情况、出资情况、父子之间的约定以及相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：
营业执照的法律意义：
- 营业执照是工商行政管理机关发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。它主要证明了企业或个体经营者的合法经营资格，但并不直接决定店铺的所有权或经营权归属。
- 在法律上，营业执照上的经营者或法人代表并不一定就是店铺的实际所有者或经营者。这取决于店铺的出资情况、经营协议以及实际经营行为等因素。
店铺所有权的判断：
- 如果店铺是由父亲出资设立，且父亲一直实际经营，那么即使营业执照上写的是儿子的名字，店铺的所有权或经营权可能仍然属于父亲。这种情况下，儿子可能只是名义上的经营者，实际控制权在父亲手中。
- 如果儿子确实出资参与了店铺的设立或经营，并且有相关证据证明这一点，那么儿子可能对店铺拥有一定的所有权或经营权。这需要根据具体的出资比例、经营协议等来确定。
父子之间的约定：
- 父子之间可能存在关于店铺所有权或经营权的内部约定。如果这种约定是合法有效的，并且有相关证据支持，那么它将作为判断店铺归属的重要依据。
- 例如，如果父子之间签订了书面协议，明确约定店铺的所有权或经营权归儿子所有，那么即使父亲实际出资或经营，店铺也可能被认定为儿子的。
相关法律法规的适用：
- 在判断店铺归属时，还需要考虑相关法律法规的适用。例如，如果店铺涉及合伙经营或公司制经营，那么需要依据《合伙企业法》或《公司法》等相关法律法规来判断店铺的所有权或经营权归属。
- 此外，如果店铺的经营活动涉及违法或违规行为，那么相关责任也可能根据具体情况由父亲或儿子承担。
建议：
- 如果父子之间对店铺的归属存在争议，建议首先通过协商解决。协商不成时，可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。
- 如果争议无法通过协商、调解或仲裁解决，那么可以考虑通过法律途径解决。在提起诉讼前，建议收集相关证据，如出资证明、经营协议、营业执照等，以支持自己的主张。
- 在处理此类争议时，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。
可能涉及的法律后果：
- 如果店铺被错误地认定为儿子的，而实际上属于父亲，那么儿子可能需要承担因不当经营或管理而产生的法律责任。
- 反之，如果店铺被错误地认定为父亲的，而实际上属于儿子，那么父亲可能需要承担因干涉儿子经营权而产生的法律责任。
总之，营业执照上写儿子的名字并不直接等同于店就是儿子的。在判断店铺归属时，需要综合考虑多种因素，并依据相关法律法规进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。