单位是否有权按有效工时计算工资，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确约定
   根据《劳动合同法》第三条，劳动合同依法订立即具有法律约束力，双方应按约定履行。若劳动合同或经民主程序制定的规章制度中明确约定“按有效工时计算工资”（例如：扣除午休、非工作性等待时间等），且该约定不违反法律强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），则单位有权按约定执行。
   关键点：需确保约定内容合法、明确，且已向劳动者公示或告知。

2. 若劳动合同或规章制度未明确约定
   根据《工资支付暂行规定》第七条，工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付。若未约定“有效工时”计算方式，单位通常应按实际出勤时间（包括午休等合理休息时间）计算工资。
   例外情形：若劳动者存在旷工、迟到早退等违反劳动纪律的行为，单位可按实际出勤时间扣减工资，但需符合规章制度规定。

3. “有效工时”是否合法的核心判断标准

   • 不得低于最低工资标准：即使按有效工时计算，劳动者在法定工作时间内提供的正常劳动，工资不得低于当地最低工资标准。
     
   • 加班费需单独计算：若劳动者存在加班情形，单位需按《劳动法》第四十四条规定支付加班费（工作日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍），不得以“有效工时”为由规避。
     
   • 不得变相克扣工资：单位不得通过不合理定义“有效工时”（如将正常工作间隙时间扣除）变相降低工资水平。

给劳动者的建议：

• 核查劳动合同、规章制度中是否明确约定“有效工时”计算方式；
  
• 保留考勤记录、工资条等证据，若发现单位违法扣减工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 若对工资计算方式有异议，可与单位协商，协商不成可依法维权。

给单位的建议：

• 在劳动合同或规章制度中明确“有效工时”的定义及计算方式（如是否包含午休、非工作性等待时间等）；
  
• 确保计算方式合法合规，避免因约定不明引发纠纷；
  
• 定期与劳动者核对考勤及工资计算结果，减少争议。

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。